内阁相位确立后，六部的位置相对降低了。不过，万历将太常寺﹑四夷馆 ﹑光禄寺 ﹑太仆寺 ﹑鸿胪寺 等职能重叠的部门简省后，六部成为大明唯一的中央行政执行部门。
吏部，六部之首，可与内阁抗衡。尚书一人，正二品；左侍郎一人，从二品，为常务侍郎，辅助尚书料理部务。右侍郎四人，正三品，分区考核府县以下官员。其余设置职责与从前一样。
户部，是万历改革最大的一个部了。尚书一人，常务左侍郎一人。新设审计侍郎一人，掌审计，预算，结算。财务侍郎一人，掌财政收支；税务侍郎一人，掌税务；农林侍郎一人，掌农田水利；贸易侍郎一人，掌与东西洋诸国商贸之事。其原有的十三清吏司，民﹑金﹑仓﹑漕四科等机构继续沿用。
兵部，对兵部的处理让万历感到为难，关键就是如何处理军权，是集中还是分散？最后决定沿用兵部设置，尚书一人，常务左侍郎一人。军法侍郎一人，正二品，掌军法；参谋侍郎一人，掌收集内外情报，分析战略形势，制定作战计划，为君王大将提供军事建议。水师侍郎一人，管理水师，现在由俞大遒兼任。教导侍郎一人，负责文化宣传。后勤侍郎一人，掌供给军械物质。装备侍郎一人，规划全军武器装备，试验新式武器，交工部制造。驿传侍郎一人，管理驿站，传送军情。其武选、职方、车驾、武库四清吏司沿用。
刑部和礼部变动不大。礼部，新设学部侍郎，掌教育；理潘侍郎，掌与外国交往，接待朝贡使节，辖四夷馆和行人司。
工部赠加火器侍郎，车马侍郎，河务侍郎。潘季驯由于治理黄河有功，为河务侍郎。
六部成为政府行政中枢，但一来上有内阁统辖，二来新设立常务侍郎和诸多专门右侍郎，六部尚书的权力已经有所下降。
除六部外，中央机关行政机关还保留有翰林院，詹事府，国子监。翰林院为国家贮才之所，里面设有史学﹑经学﹑历学﹑算学﹑刑名﹑同文等馆，新中的进士需要在里面学习一定年限后，才能正式补官。这一次万历特别强调了同文馆的地位，要求翻译东瀛﹑朝鲜﹑蒙古﹑回回﹑安南﹑缅甸﹑暹逻﹑佛郎机等国的书籍，并作为翰林院毕业考试的内容之一。詹事府为太子府属官，保留不变，并且将各王府的官员也纳入詹事府，方便管理。国子监，为中央学府，不变。
在监察方面：万历恢复了谏院，设立谏议大夫，正三品；散骑常侍，拾遗，补阙，正言等官。是专门针对皇帝的，纠正天子的过失，监督天子的言行举动。同时，六部各科给事中，都给事中都归入谏院，由建议大夫领班。
督察院方面，设置如旧。但是赋予了督察院审核各部门财务和行政手续的权力。分道御史巡检地方，弹劾不法。监察御史，监察百官。殿中侍御史，纠察百官失仪。
大理寺作为独立司法部门存在，有权对大明律法做出解释，并形成案例成为以后判案的根据。
通政寺，负责接受全国上面人等的奏折和上书，也有接受平民申冤状纸的权力，有权要求各部门在一定期限内就状子中事件做出说明。
这四大部门的首脑任命由廷推后，天子决定。其行政不受内阁控制，直接对天子负责。他们与内廷的锦衣卫﹑廉政司，与地方的巡抚﹑提刑按察使，共同组成大明的监察系统，维护大明的纲纪。
内阁的首辅，监察系统的都御史，五军都督辅的都督，并称为三公。六部尚书，大理寺卿，谏议大夫，通政大夫，并称为九卿。各部侍郎以上，九卿，翰林院詹事府国子监三首长有廷推的权力，也有上本弹劾内阁首辅的权力。
与外廷相应的是，皇家事务官员的设立：宗人府，掌宗室皇亲；内务府，管理太监宫女，并宫中之事；太常卿，管理皇家祭祀；光禄寺，掌接待宾客，宴会酒食；太仆，掌皇帝出行之车马仪仗；卫尉，掌宫廷卫士，守卫紫禁城；太史令，掌天相﹑史学﹑实录﹑僧道等事；上林苑监，管理皇家园林；少府，管理皇室财政。
这九个部门被称为内九卿，或小九卿，皆由皇帝任命。有权参与朝廷大事的商讨，有权廷推大臣。但是没有权力弹劾阁臣﹑六部尚书﹑督察院长官。
中国历来是政府与皇家不分，万历早有心革之，今日方才如愿。
太师、太傅、太保依旧为三公，正一品。少师、少傅、少保为三孤，从一品。太子太师、太子太傅、太子太保，并从一品。太子少师、太子少傅、太子少保，并正二品。自此以后，这些官职变成虚衔，为勋戚文武大臣加官、赠官。例如在改革大体完成时，万历就加张居正为太傅，申时行为少师，张学颜等为太子太师。
在军政方面，明朝本来由五军都督府掌握军事力量，但是后来职权渐为兵部所夺取，成为只有统兵权的部门
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