。这一次万历改革，兵部仍然是全国的最高军事决策机关，而五军都督府变成了大的军区，统辖各地的卫所。依然保持着五军都督府有通兵权，兵部有调兵权的格局，相互牵制。
这时候，万历对全国的兵马做了区分。第一等是京师的羽林卫和禁卫军，以及南京的驻守部队，人数大约20万，是万历现在可以依靠的力量。分别在京师和南京设立南北大营，设立一位都督统之，北军都督为戚继光，南军都督由魏国公兼任。
第二等是九边的边军。九边九镇的军队本来是从各卫所抽调用，轮番戍守。后来卫所制度被破坏，卫所之军不可用，万历改用招募。现在九边的边军都是招募来的，战斗力在卫所军之上。现在军马大约35万。
水师兵员也是招募。江南水师和皇家水师共用五万人。
这两等军队都直接隶属于皇帝，其长官由天子任命，不受五军都督府的节制，但仍在兵部监察之下。
第三等是卫所军士，卫所军士由五军都督府统领。鉴于卫所的腐败，从万历二年起，朝廷就在不停的淘汰卫所军士，现在留下来的卫所一般是担任农垦兵，把守内地重要隘口，以及为边军补充兵员。总的说来，卫所军是作为预备役使用的。人数大约一百万。
第四等是地方卫队，各省各府县都有一小部分武装力量，用于维护地方安全，抓捕盗贼。万历这一次将这些宪兵变成了类似警察和捕快的宪兵，并且增加了一个职责，就是在农闲时训练民兵。这一类宪兵全国共有30余万。
通算下来，帝国的武装力量有200万人之多，但是能打仗的只有第一第二等的60万人。
在军事力量的指挥上面，万历废除了文官统军的习惯，但保留了文臣监军的权力，当然监军的权力已经大大缩小。军队平时由五军都督府和各省都司﹑各镇总兵统领﹑训练。一般战事，总兵都司可请得兵部同意后，进行军事行动。遇到紧急战势，各镇总兵和各省都司有权调动兵马进行战斗。遇到大的战事，朝廷选拔老成宿将或者通兵事的边臣为总督，加以战区的名号，统领各镇各都司参战。总督不常设立，现在大明有蓟辽，山西，陕西，西南四大总督，都是有战事。战事结束，局势稳定，即便撤销总督，民事归巡抚，军政归都司。
总督不干涉地方民政。但在新开的疆土或者新平定的地区，总督可以兼管民政，待局势平定之后，方实行军民分治。在次一级的地区，可以设立诏讨使，宣抚使等官员兼管军民事，职责权限一如总督。
对地方官制的改变主要是明确权责，削弱地方权力。万历保留了南京的那一套行政班子。重新化分了省区，新设立辽宁﹑甘肃﹑安徽三个布政使司，分湖广布政使司为湖南湖北两个布政使司。另外设立一个建州诏讨使司，军民兼管，其长官为正四品。
将省这一级的行政区划正式确立下来，在地方形成县—州府—省的三级行政梯度。省设立巡抚，从二品；布政使，从三品；按察使，从三品；都司，正三品；学台，正四品。五巨头共同管理一省政务。巡抚总理民事，并且有监察权；布政使相当于中央的户部，掌财务民生土地之事；按察使理刑，并平反冤狱；都司，掌一省军政；学台，都学，也有监察权。五巨头之下，设立吏礼兵户工刑六科，协助处理政事。
府一级，知府，正四品，同知，推官，校尉，教授。县，县令，正六品，县丞，主簿，县尉，教谕。与省一级的五巨头一一对应。
大抵地方行政系统与原来想比变更不大。但是职责和统属却有了相当的改变，变成了横向合作，纵向统属的模式，相互监督，地方的权力进一步被分散。比如县一级中，县令有审理案件的权力，但是结案时必须有县丞和教谕的副署，方才能定案；县令﹑县尉﹑教谕的财政收支又收到主簿的监察；而县令对其它四人又有一定的考核权。
同时地方监察力度也在加强，除了各个系统本身的监督外，还有巡抚﹑按察使﹑学台三重监督，以及今后将要设立的省廉政局。此外，致仕的乡绅﹑有功名的士子和有爵位的人都有权上书中央，监督地方行政。重重监察之下，帝国的贪墨之风应该有所好转。
而且，在这个时期，万历命令吏部对全国各省府县的官员进行了大规模的调动，往往是两个省互调，两个府互调，打乱原有的官场关系网，以便于反贪工作的展开。
在变革官制的同时，《考成法》继续实行，并且考成的范围扩大到了整个官僚体系，上至首辅下至县令，无人例外。在这一时期，还对官员的退休﹑休假﹑守制丁忧等事做了规定。
这一次规模巨大的官制改革从万历九年六月开始，到当年底才大体完成，稳定下来。而最后完成已经是万历十二年。那时候，帝国的首辅张居正已经病逝一年多了。