觉非的要求，考虑到明代的实际情况，沈觉非也不再要求了。只修改了一条：将普通士兵从军的年限从原来的15—50岁，改成了18—40岁；还有就是将两年的新兵训练期延长到了三年，紧急时期除外。增加了一条，就是破坏军婚罪。
上述过程都是在八九月完成了。就在颁布大明新的封爵制度的同一天，也颁布了新的《大明军律》，同时下诏设立军法处。在埋头努力许久之后，沈觉非终于完成了这两项用来控制军队的制度建设，大大的高兴了一回。
与颁布新的爵位制度相比，《大明军律》和军法处受到的关注就少了许多。但是沈觉非花在其中的心思只有他自己明白，也只有他明白它将来的巨大作用。
军法处直属于兵部。兵部原有尚书一人，左、右侍郎各一人，武选、职方、车驾、武库四清吏司。现在设立军法处，如果将军法处与武选职方同级，则地位太低，不能彰显军法的威严。于是万历帝下诏于兵部特设一军法侍郎，专司军法，领导军法处。军中上下人等触犯《大明军律》者都由军法处处理，和平时期允许刑部督察院大理寺旁听，战时可以便宜处理！
在沈觉非看来，现在大明政府的职能部门已经有必要修改了，比如这兵部的车驾司，掌卤簿、仪仗、禁卫、驿传、厩牧之事，放在兵部就有些不论不类。有比如皇室和政府不分，重复设置部门官员，京师和南京两套班子等等问题，沈觉非看在眼中，心中也有心改变。但格于形势，不得不暂缓行事。这几年和张居正推动改革，已经得罪不少人，如若再在官职上大动手脚，必然引起官吏的反弹。比如，张居正对驿站的改革，限制了官员的特权，就让很多人非常不满，没少上折子反对，要求恢复原来的制度。当然都让万历帝沈觉非给压了下去。
因此，沈觉非还是决定采取缓慢的改良，一步一步的前进。他时时以王安石来警示自己，欲速则不达。即便是做出一些妥协，做一时的退让，但重要的是，最后看功业成与不成尔！