此后朱元璋以肃清逆党为名，大规模地屠杀，坐诛者三万余人，株连蔓引，十几年未靖，并作《昭示奸党录》，布告天下。这样大的一个案件，清修的《明史》也只是说胡惟庸被诛时“反状未尽露”，这不免让人生疑。
要知道，《明史》是二十四史最后一部，共三百三十二卷，包括本纪二十四卷，志七十五卷，列传二百二十卷，表十三卷。它是一部纪传体断代史，记载了自朱元璋洪武元年至朱由检崇祯十七年二百多年的历史。其卷数在二十四史中仅次于《宋史》，但其修纂时间之久，用力之勤却大大超过了以前诸史。修成之后，得到后代史家的好评。
经过三次改稿，费时几十年。《明史》的确有不少长处。首先，它体例严谨，叙事清晰，文字简明，编排得当。史评家赵翼在《廿二史札记》中，曾将辽宋、金、元诸史和《明史》作了比较，认为“未有如《明史》之完善者”。其次，《明史》的史料较为丰富。当时可资的第一手史料很多，除一套完整的明朝各帝“实录”而外，尚有邸报、方志、文集和大量私家史乘。朱彝尊修史时《上总裁第二书》中说，仅各地的方志藏于国家图书馆者，即达三千余册之多。可见《明史》可信度还是比较高的。
《明史》是清朝的张廷玉的继承前人的成果编写的，张廷玉是什么人是康熙朝大学士张英次子，康、雍、乾三朝元老。康熙时以进士官刑部、吏部侍郎，雍正年间受到重用，任顺天乡试主考官、入值南书房、《明史》总载官、礼部及户部尚书，后又相继升他为文渊阁、文华殿和保和殿大学士，并令其改兼吏部尚书，居官五十多年，这样一个忠实的清朝大官，编撰前朝史书自然不会帮着前朝皇帝去刻意隐瞒这样一个实情了，再说了，清朝皇帝当时入关，很需要人心，编纂些前朝的皇帝的恶习才好证明他的统治是合法的，像胡惟庸这样大案子，若当真有谋反之心，岂能不大，但《明史》却留下了一句“反状未尽露”。这足以说明胡惟庸并非谋反，而是被朱元璋的冤杀的。因为他真正的目的，不是在于胡惟庸谋反，而是趁机废除丞相，肃清权臣，为子孙后代铺路。
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《明实录》记载：“罢丞相不设，析中书省改归六部，以尚书任天下事，侍郎贰之，而殿阁大学士久备顾问。帝方字操威柄。。。
《明史稿》载：“先是，tai祖承前制设中书省，置左、右丞相。平章政事，以统领众职，置属官参议，左右司郎中，员外郎，都事，中书舍人，分钱粮礼仪刑名营造四部，以条理管辖。十三年，正月诛胡惟庸，遂罢中书省。。。。。。。二十八年敕谕群臣：‘国家罢丞相，设府、部、院、寺以分理庶务，立法至为详善，以后嗣君，其毋得议置丞相。臣下有奏请设立者，论以极刑。
《明tai祖实录》载，癸卯，大祀天地于南郊。罢中书省，升六部，改大都督府为五军都督府，布告天下。诏曰：“朕膺天命，君主华夷，当即位之初，召集群臣，讲求官制，远稽汉、唐，略有损益，亦参以宋朝之典。所以内置中书省、都督府、御史台、六部；外列都指挥使司、承宣布政使司、都转运盐使司、提刑按察司和府、州、县，纲维庶务，以安兆民。朕尝发施号令，责任中书，使刑赏务当。不期任非其人，丞相汪广洋、御史大夫陈宁昼夜淫昏，酣歌肆乐，各不率职，坐视兴废，以致胡惟庸私构群小，夤缘为奸，或枉法以惠罪，或挠政以诬贤，因是发露，人各伏诛。特诏天下罢中书，广都府，升六部，使知更官之制，行移各有所归，庶不口烦。于戏！周职六卿，康庶民于宇内，汉命肖、曹，肇四百年之洪业，今命五府六部详审其事，务称厥职，故兹诏谕。”
《明tai祖实录》卷129载，洪武十三年正月已亥，胡惟庸等既诛，上谕文武百官曰：“朕自临御以来，十有三年矣，中间图任大臣，期于辅弼，以臻至治。故立中书省以总天下之文治，都督府以统天下之兵政，御史台以振朝廷之纪纲。岂意奸臣窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸期之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷……赖神发其奸，皆就殄灭。朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。更置五军都督府，以分领军卫。如此，权不专于一司，事不留于壅蔽，卿等以为如何？”
《明史”职官志1”序》载：“明官制，沿汉、唐之旧而损益之。自洪武十三年罢丞相不设，析中书省之政归六部，以尚书任天下事，侍郎贰之。而殿阁大学士只备顾问，帝方自操威柄，学士鲜所参决。
从这些不难看出，朱元璋大力制造了胡惟庸案件真正缘由不是胡惟庸有谋反的迹象，而是认为丞相容易“张君之威福”，而作恶多端，又认为元亡的原因在于“政专中书”、“委任权臣”。因为这些认识再加上李善长，汪广洋，胡惟庸等人多事专横跋扈，大权凌驾百官之上，让他心生不安，才决意废相，这一点在早在洪武十一年就看出了迹象，当初朱元璋就命令以后臣下上奏书，不许“关白”中书省（大臣奏事时，中书省不必知道）。洪武十三年废除丞相制度之举，只是不许“关白”中书省的延续，意思是大权独榄，集自古以来皇权、相权于一身，从此六部尚书直接对皇帝负责。
洪武二十八年六月，tai祖御奉天殿，敕谕文武群臣说：“自古三公论道，六卿分职。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下事务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。“
很显然这一切朱元璋早有准备，否则不会在胡惟庸死了那么几年的功夫，就有了这样的大手笔，说到这儿，我们可以回过头来看一下整个胡惟庸案，胡惟庸做了相国后，益骄横跋扈，擅自决定官员人等的生杀升降，先阅内外诸司奏章，对己不利者，辄匿不上报。各地喜好钻营、热衷仕进之徒与功臣武夫失职者，争走其门，馈送金帛、名马、玩物不可胜数。要说他独断专行确有其事，但谋反其实是子虚乌有，这不过是朱元璋的一个借口，这一点从他诛杀，告发的涂节，第一任锦衣卫指挥使毛骧等人就足以看出，以及后来以此诛杀李善长一家就更加明显，摆明了是朱元璋想借胡案兴起大狱来诛杀文武功臣，以防功臣们日后威胁朱姓子孙。所以胡惟庸案说穿了并不是胡惟庸有谋反之心，而是朱元璋有了借他整肃功臣的借口，凡是对他朱家子孙有威胁的大臣，都可以扣上“胡党”的罪名，处死抄家，一并杀了。
这一点在李善长一家被杀后一年，郎中王国用为其鸣冤，由御史解缙起草《论韩国公冤事状》，最有说服力。
疏中论道：李善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，又何必为胡惟庸谋事，况且他已经年迈，根本没有精力再折腾，何苦如此！当时正值胡党株连，气氛异常恐怖，很多人担心会招来祸事。但朱元璋看了以后，读了如此冒犯的话，心知理亏，竟然不予追究，足见李善长死得有多冤枉，这反过来也可以说，胡惟庸案的的确确是朱元璋一手炮制的冤案！
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