色』、旗号，以降贼为向导，或佯为合队，或乘夜袭营”（63）。起义军被内外夹攻，损失更为惨重。至嘉庆六年十月，起义军仅余10000多人。急于求胜的嘉庆限令额勒登保于嘉庆六年冬将起义军悉数歼灭。然而，嘉庆的限令并没生效。嘉庆七年1802年正月，活动于川北的义军首领苟文明联合其他零散起义队伍，聚众2000余人、骡马数百，渡嘉陵江上游之略阳河进入川东。自以为已稳『操』胜券的嘉庆，因劳师糜饷、旷日持久而不能歼灭起义军而大动肝火，以惩办统兵将帅泄其愤。嘉庆以额勒登保撤防江兵勇及“追贼落后”，将其夺爵褫翎。五月，又以旷日持久、无方略，将其革职留任。同时，命令额勒登保“遍访将士，献擒渠之计。并悬重赏购”（64）。又给额勒登保立下“限六月内灭贼”的限令。额勒登保在嘉庆的催『逼』下，倾全力率军扑向起义军活动地区。义军首领樊人杰，苟文明等相继壮烈牺牲。但六月限期已过，起义军仍活动在丛山老林中，不断出击清军。直至嘉庆七年十一月，当起义军的著名首领大部分被俘或战死后，零星起义军千余人只能分散活动，其活动规模已非昔日可比。这一年十二月，经略额勒登保、参赞德楞泰会同川督、陕督、湖督，以大功戡定，用黄表朱里折六百里驰奏嘉庆报功请赏。嘉庆获报，大喜过望，立即“祭告裕陵，宣示中外。”对镇压白莲教起义的有功诸臣论功行赏，大封领兵将帅、地方大吏。嘉庆虽然以大功底定宣示中外，但没有立即下令撤兵罢战。嘉庆深知“一贼不尽，皆可滋蔓”的教训，因此，他命令经略、参赞“毋遽来京”，领兵诸帅也不要忙着解甲，仍要他们屯兵险要，穷追残余的起义军。直至嘉庆八年1803年七月，当嘉庆得到额勒登保“三省肃清”的奏报后，才令大批清军撤离。然而，嘉庆始料不及的是，在川、陕、楚三省交界处，起义军余部乘清军纷纷撤离之机，纷纷突出老林，四出活动。而大批乡勇与起义军的联合，使濒临最后失败的川楚陕农民大起义大有重振雄威的势头。清王朝在宣布“彻底肃清”后，大量撤裁乡勇。每名乡勇规定由官府给银五钱缴刀矛，银二两资送回籍。但是，绝大多数乡勇系贫无立锥之地的流民，他们本无家可归，无业可就，无田可耕。被遣散的乡勇纷纷进入深山老林，和起义军余部结合起来。而这时的起义军余部，人数虽不多，然而皆历经百战之余，有丰富的作战经验，且“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散”（65）使清军剿不胜剿，防不胜防。统兵大员们一时束手无策，“分军遏之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二三百贼而三省不得解严。”（66）嘉庆九年1806年二月，嘉庆只得再次派遣还京不久的额勒登保出都，以钦差大臣头衔赴陕，会同德楞泰围剿起义军。至这年九月，各路皆报肃清。然而，起义军余部的活动一直没有停止，直到嘉庆十年1805年五月，起义军的最后一个元帅王世贵牺牲，川、楚、陕农民大起义归于失败。
历时九年、遍及五省的白莲教农民起义被残酷地镇压了。嘉庆为镇压起义，先后调集了全国十六个省的兵力，耗费白银2亿两。清『政府』在镇压起义中，损失一二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人，清『政府』拥有的武装力量因而受到极大的削弱，清王朝受到自立国以来前所未有的沉重打击。清廷镇压白莲教起义久久不能奏效的事实，充分暴『露』了清王朝外强中干的本质。从此，这个王朝走向衰落的趋势益发不可遏止。
嘉庆竭尽全力、尽其所能刚刚把白莲教大起义镇压下去，东南海疆警报又起。福建同安人蔡牵领导的起义军，自嘉庆五年1800年即发难于闽浙沿海，力量逐渐壮大。嘉庆九年1804年，起义军战船80余艘，进入福建沿海。福建水师避而不战，起义军击败浙江总兵胡振声。嘉庆愤而将金门镇总兵吴奇贵、副将张世熊等治罪，以福建水师提督李长庚总统闽浙水师，率温州、海坛二镇为左右翼，专剿蔡牵起义军。然而起义军仍不断发展。嘉庆十年1805冬，蔡牵聚集战船百余艘，率众2万多进攻台湾，自号镇海王。义军的迅猛发展，引起嘉庆的重视。这时，白莲教大起义已被镇压，这使嘉庆得以增强对蔡牵起义军的镇压力量。嘉庆十一年1806年二月，嘉庆派将军赛冲阿，调四川兵3000赴剿。但是，起义军依靠战船武器的优势，和沿海人民的大力支持，顽强地抵御清军。起义军历经酷战“篷朽硝缺，一回闽地，装篷燂洗，焕然一新，粮『药』充足”（67）。足见起义军和沿海人民的密切联系以及沿海人民对起义军大力支持的作用。而清军战船不得力，督臣又以费时费财不肯造新船，福建文武大员亦不能与海上的军事行动协调行动。嘉庆针对以上情况，不断采取措施，克服这些弊端。嘉庆为此撤换了督抚大员。嘉庆十一年1806年二月，嘉庆诏责闽浙总督玉德历年废弛。不久，将其褫职，逮问治罪，以阿林保代之。后来，嘉庆又指责阿林保莅位苟且，忌功掣肘，专以去李长庚为事。嘉庆十四年1809年，又以方维甸代之。除了撤换剿办不力的督抚大员而外，嘉庆又故伎重演，把在川楚陕镇压白莲教起义的成功经验搬到了东南沿海。嘉庆十四年八月，嘉庆令于福建广东“近海各处村庄劝谕乡民各卫身家，自行团练，贼来既可抵御，贼去仍安旧业”（68）。嘉庆企图再次以寨堡团练的办法来割断沿海人民和起义军的联系，并增强围剿起义军的力量。同年，嘉庆还采纳了两广总督吴熊光的建议，“尽改粤粮水运为陆运，其南澳厅及琼州隔海者以兵护送，其硝磺各厂亦改商归官”（69）。企图以此斩断起义军粮食、火『药』的来源。蔡牵起义军在清军的全力镇压下，于嘉庆十五年1810年二月陷于失败。嘉庆王朝渡过了又一次危机。
东南海疆的警报刚刚解除，嘉庆十八年1813年，对清王朝造成更大威胁的天理教农民起义又在中国的北方、清王朝统治的心脏地区爆发了。
天理教又名八卦教，属白莲教的一个支派。直隶大兴的林清和河南滑县的李文成是著名的天理教教首。林清，祖籍浙江，后移居直隶大兴黄村，曾当过大兴巡检司书吏、江南粮道和丹阳县衙门的长随。嘉庆十一年1806年入教。因他经常赈济穷人，“有告贷者，辄给之，乡村仰食者万余家”（70）。故深得教众拥戴。入教不久，即被推为首领，主坎卦，称“天皇”。李文成，木工出身，嘉庆十六年1811年被推为教首，掌震卦，称“人皇”。天理教教首除林清、李文成而外，尚有冯克善、牛亮臣等。天理教盛行于山东、河南、河北、山西数省地区。由于它反映了贫苦群众摆脱贫困压迫、避劫消灾的愿望，故贫苦群众争相信从。教徒主要是农民、城市贫民、小手工业者和清『政府』的下级属吏、宫廷的低级太监等。教徒须每月纳钱少许，名曰根基钱、种福钱等，期待将来得到数十倍的补偿，甚至得到农民梦寐以求的土地。“输钱百文，许地一顷”的许诺，对广大农民无疑有很强的吸引力。
林清秘密于近畿一带宣传发动群众，尤其注重联络宫中低级太监入教。清宫中太监大多来自直隶农村贫苦之家，许多家庭素习天理教等宗教。加上他们入宫后，极端低下的社会地位和备受凌辱的生活境遇，使他们很容易就成为各种宗教的信仰者。李文成活跃在直隶、山东、河南一带，拥众数万，势最盛。林清、李文成南北呼应，积极准备发动武装起义。嘉庆十七年1812年正月，各地教首聚会河南滑县道口镇时，决定于嘉庆十八年1813年九月十五午时起事。约定届时李文成首先于河南滑县发动。同时，河南、山东、直隶各地即时响应，随后各路起义军直捣幽燕。林清则潜发于北京城内，在宫内太监的接应下，直捣内廷。内外配合，首先夺取北京城。起义计划确定后，李文成私买战马，蓄养士卒，铸造甲仗，颁发旗号，开始了紧张的起义准备工作。李文成等人的活动为滑县知县侦知，立即密封告知河南巡抚高杞、卫辉知府郎锦骐，但没有引起他们的重视。滑县知县强克捷决定自行其事，将李文成、牛亮臣等二十四人被捕下狱。李文成等遭严刑拷打，李文成足胫被夹断。天理教的其余首领以事迫不能俟期，被迫提前发动。嘉庆十八年1813年九月初七日，天理教徒3000余人攻进滑县县城，于大狱中救出李文成等，知县强克捷被愤怒的起义群众杀死。起义军据滑县，李文成于县署内设帐理事，封官拜将，受封者计有90多人。起义军还占领了军事重镇道口镇。滑县天理教起义后，早有准备的河南，山东交界处各县天理教徒纷纷响应。直隶境内的定陶、金乡、曹县亦同时“杀官围城”。嘉庆闻报，急令河南巡抚高杞，督同河北镇总兵『色』克通阿防堵，防止起义军渡河北上。以直隶总督温承惠为钦差大臣，偕古北口提督马瑜剿灭长垣、滑县起义军。又命山东巡抚同兴巡防山东边境，平定曹县、定陶等地起义军。又命陕西提督杨芳赴直隶“协剿”。河南、山东天理教起义军受到清军的四面阻遏。因而没能如约北上进攻北京。而蛰居京畿黄村的林清没有等待北上援军，在原定日期开始行动。林清将教徒200余人分为东、西两队。一队以祝五、屈五为首，由东华门进攻禁城；一路以李五、宋进财为首，由西华门进攻禁城。九月十四日，起义军由宣武门分别潜入北京城，“藏兵器，混入酒肆中”（71）。九月十五日午刻，东队由太监高泰、高广福引领进西华门。按照预先约定，太监王福禄、阎进喜在内接应。林清居黄村，坐待河南起义军至而后进。进入东华门的起义军，很快即被防守禁城的官兵觉察，城门立即被关闭，起义军大部被迫于混『乱』中撤离，冲入宫廷者仅陈爽等十数人。冲入内廷的起义军在协和门下遭到清廷侍卫的顽抗。起义军舍生忘死，拚死搏战，打伤许多护军，最后起义军也因力量过于单弱，被官兵擒杀。西路起义军80余人，进入西华门。起义军西向进攻大内，“误由尚衣监、文颖馆斩关入”，内廷侍卫得以关闭通向大内的隆宗门。在隆宗门外，起义军和官兵展开了一场生死搏斗。隆宗门久攻不克，二名起义军土兵奋勇越墙进入内廷被内监杀死。部分起义军又奋不顾身地由门外诸廊房“逾墙窥大内”，越墙进入内廷。这时，大部分起义军仍聚攻于隆宗门外，准备焚毁隆宗门。午后申时，诸王大臣率兵自神武门入内，镇国公奕灏将准备征发去镇压滑县起义的1000多火器营官兵调入增援。起义军很快陷入众寡悬殊的境地，起义军被擒被杀者70多人。当北京城内这场惊心动魄的搏斗发生时，嘉庆正行围热河，不在京师。皇子旻宁等先还京师，身临其境。急迫中，旻宁用鸟枪击中两名欲逾墙而入的起义军。事变发生的第二天，嘉庆才得到详细报告。嘉庆十分震惊。十七日，下诏罪己，装模作样地作了一番自我批评，同时，又把发生事变的责任完全推给下面，指责诸臣“因循怠玩”，“致酿成汉唐、宋明未有之事”（72）。嘉庆在热河还宫的途中，即迫不及待地谕令新任步军统领英和于京城及近畿大肆搜捕，“其三品以下官员以及军民铺户人等俱著逐户挨查”（73）。在清军的大搜捕中，林清于黄村被捕。十九日嘉庆还宫，于瀛台亲讯林清及内应太监，令“皆磔之，传首畿内”（74）。天理教起义军进攻皇宫的壮举被嘉庆淹没于血泊中，起义失败了。然而，隆宗门匾额上至今仍残留的箭镞痕迹，是中国农民阶级英勇无畏地反抗清朝封建统治的见证，它将成为中国人民的一笔精神财富，鼓舞千千万万的后来者。
进攻皇宫的起义军被镇压了，但燃及河南、直隶、山东的天理教起义仍在迅速发展。李文成起义军据滑县，精锐集中于“临运河，有积粮”的道口镇。嘉庆从天理教教徒突入宫门的严酷现实中意识到活动于清朝统治心脏地区的天理教起义军给清朝统治带来的巨大威胁，因此在对北京及近畿天理教徒大力镇压以后，立即重新部署兵力，妄图一举扑灭天理教起义。嘉庆以陕甘总督那彦成代替温承惠为直隶总督，佩钦差大臣关防，令其节制山东、河南诸路清军，陕西提督杨遇春副之；又调满洲健锐、火器营兵2000及西安、徐州兵数千前往围剿。十月，那彦成至卫辉。因滑县、道口起义军兵力强盛，那彦成遂以“厚集兵力，一鼓灭亡”为辞，屯兵不进，并请俟调山西、甘肃、吉林索伦兵5000而后进。那彦成的迟疑观望，使求胜心切的嘉庆很恼火，“诏切责之”，那彦成在嘉庆的催『逼』下开始采取军事行动，渐次攻陷起义军据守的道口外围的周潭村、连庄、罗家寨等地。起义军撤回道口，挖壕固守。十月二十七日，清军会攻道口。起义军据城固守，终因抵挡不住清军猛烈的炮火及马步兵的连续攻击，道口失陷。数以万计的起义军死于敌人的炮火中，道口镇中“尸骸枕藉，盈街满屋”（75）。起义军的力量受到严重损失。嘉庆在清军攻陷道口后，一面令清军进围起义军基地滑县，同时遣将调兵，镇压直隶开州起义军，山东曹州起义军，妄图一举扑灭三省起义军。在清军全力围攻下，十月，山东境内的数支起义军先后失败。十一月，直隶天理教重要首领冯克善在献县被清军俘获，直隶境内的起义军亦归于失败。嘉庆在剿灭山东、直隶起义军后，立即命令将兵力集中进攻滑县。滑县为滑州旧治，城墙坚厚，外砖内土中沙，清军炮火也奈何它不得，再加起义军为坚守滑县作了充分准备，储备的粮食足支一年。面对这样一座壁垒森严的城池，清军以10000余兵力将其重重围困。滑县的形势日益危急，据守桃源的义军首领刘国民潜入滑县城，轻车载负胫创不能骑的李文成突出因一苇塘清军无法围困的北门，进入辉县山中的司寨。那彦成立命将领率军追击。十一月十九日，清军设伏白土岗，将突出司寨的起义军2000余人击溃，清军紧紧围困住司寨。二十日，清军对司寨发动总攻击。起义军据险守御，自晨至午，双方伤亡很大，“坠涧壑死者无算，尸与涧平。”10清军踏着枕藉的尸骸越壕而入，起义军与之展开了激烈巷战，起义军退守十余座以砖石作墙的碉楼，抗击着数倍于自己的敌人。无计可施的杨芳残忍地下令焚寨。立时寨内烟火蔽天，起义军被烧死无数。李文成、刘国民被围困于一碉楼中，誓不投降，举火**，“数十人群相拥抱而死”（77）。据守司寨的起义军数千人全部英勇战死。司寨失陷后，滑县成为起义军最后一个据点。嘉庆令将各路军马调集滑县，昼夜环攻。这时，陕西岐山县三才峡木工又举起了反清武装起义的旗帜，嘉庆更急不可耐地“督诸将刻期破贼”（78）。由于滑县城墙坚厚，起义军坚持不懈地守御，使清军围攻滑县数旬不克。清军于城外掘隧道十余条，都被起义军发现，“或水灌之，或濠截之”（79）。诡计多端的杨芳佯筑他栅，吸引起义军的注意力，同时遣人仍掘旧壕，实满火『药』。十二月初十日，随着一声惊天动地的巨响，西南角城墙被地雷崩裂二十余丈，清军乘势涌入。起义军据民房顽强抵抗，“巷战至夜”。滑县县城被清军攻陷，滑县内的起义军二万余人在血战中牺牲。清军攻陷滑县后，进行了残酷的大屠杀。城内“积尸若山阜”。起义军首领大部战死，牛亮臣、徐安国等被槛献京师，嘉庆令将其凌迟处死。嘉庆在继镇压白莲教起义后，又残酷血腥地镇压了直隶、山东、河南的天理教起义。
综览嘉庆一朝，人民的反抗，几乎没有停止过，这正是当时社会阶级矛盾极度尖锐化的反映。嘉庆企图以对农民起义的残酷镇压来挽救王朝的统治危机。然而，压迫愈重，反抗愈烈。嘉庆对人民起义的血腥镇压只会激起人民更大规模的反抗。嘉庆朝历久不衰的人民反抗斗争浪『潮』，预示着清王朝不可避免的日渐走向衰亡的命运。