是，信孝他们没有等到渡海的风信，却收到了“本能寺之变”的噩号，事变的当日，赖隆在居城岸河田。
跟随秀吉
本能寺事变之后，六月五日，织田信孝和丹羽长秀合谋杀死了光秀的女婿津田信澄，蜂屋赖隆没有参与此事。不过，此后他依然跟随织田信孝和丹羽长秀一起行动。待羽柴秀吉的大军抵达之后，双方立即合兵一处东进讨伐明智光秀。在六月十三日发生的山崎决战中，以羽柴秀吉为首的织田将士们浴血奋战，终于为主公信长报了仇。
据《太阁记》记载，赖隆在战后的清州会议上得到了加封三万石的赏赐，除此以外，并没有关于此事的确切记录。七月十五日，蜂屋赖隆终于回到了阔别已久的居城---岸和田城。
在柴田胜家和羽柴秀丽的战争中，蜂屋赖隆加入了秀吉的阵营。据《天正记》，赖隆参加了围攻岐阜城的战斗。贱岳会战之后，赖隆从岸和田移封至越前敦贺郡。
天正十三年（1585），赖隆参加了镇压佐佐成政的军事行动。天正十五年（1587），他又奉秀吉的命令参加了声势浩大的“九州征伐”。《当代记》中有秀吉战后赐赖隆“羽柴”姓的记载。
不久以后官拜“侍从”，赖隆便让别人称呼自己是“敦贺侍从”。
天正十七年（1589）九月二十五日，蜂屋赖隆去世。根据崇福寺所藏《蜂屋赖隆画像赞》，赖隆享年约为五十六岁，这个年龄基本上还是可信的。蜂屋赖隆并无子嗣，所以蜂屋的家名也跟着他一起死亡了。