正八年（1580）八月，佐久间信盛父子被信长追放后，蜂屋赖隆地位大为提高。他得到了原属佐久间信盛的和泉一国的管辖权。
“石山战争”结束后，蜂屋赖隆和丹羽长秀、津田信澄一起进驻石山，不久他担负起整顿本愿寺旧领的任务。
十一月二十六日，赖隆在大坂的邸宅里接受了津田宗及的探望（《宗及记》）。
天正九年（1581）二月二十八日，赖隆参加了 一番队丹羽长秀、二番队蜂屋赖隆、三番队明智光秀、四番村井贞成
1584年1月20日的佛洛伊斯书简中有：“信长将和泉国赐予了名叫‘蜂屋殿’的贵族”的记载。
四国讨伐军的副将
天正十年三月，蜂屋赖隆作为织田信长的直属部将，接到了出征甲州的命令。然而，织田信忠所部、的进展出人意料的顺利，未等赖隆参战，武田家就灭亡了。同年五月，信长任命三男神户信孝为总大将，织田家的四国征讨军开始集结。由于年轻的信孝缺乏领兵打仗的经验，信长派经验丰富的老将丹羽长秀前往辅佐，蜂屋赖隆和津田信澄也一同成为信孝的副将。
一般人都以为长秀是四国征伐军实质上的主将，这种观点并不符合史实。根据《寺程菊子氏文书》所记，主将信孝除了被授予讃岐一国之外，还得到了在四国平定之后享有支配大权的保证，长秀、赖隆和信澄都只是他的副将。（《丹羽家记》）
织田信孝和丹羽长秀诸将在大坂、廧媑和崭集结兵力，等待渡海的时机。可
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