南京失陷后，1645年闰六月丁未，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，改元为隆武。
在朱聿键称帝后约40天鲁王朱以海监国于浙江绍兴。
一国二主的局面，让隆武政权与鲁王政权为了为争正统地位而形同水火，各自为战。
清军再度南下时，隆武政权和鲁国政权都没有建立稳固的防线。
1646年五月，满清征南大将军贝勒博洛乘虚突破钱塘江，绍兴、杭州、义乌、金华等城相继失守。
鲁王朱以海流亡海上，走石浦，后至舟山。
八月，看到满清步步紧逼，同时又听到许诺封自己为闽粤总督，郑芝龙决心投靠满清，郑芝龙下令镇守福建北大门的仙霞关守军全部撤回安平，同时也召回了自己领兵在外的的大儿子郑成功。
隆武帝朱聿键听到后出逃至汀州被掳，绝食而亡，
1646年十一月十五，郑芝龙不顾郑成功苦谏，北上福州降清。满清反悔，将郑芝龙挟持上京，同时派兵攻打他的老巢安平镇。