所能做的，只有每天前往坟地，观察那些暴露在外、被野狗撕破肚肠的尸体，目的是借此机会弄清楚人体内脏的真实状况。
而王清任之所以这样做，是因为多年的医术修习让他发现“治国良相，世代皆有；而著书良医，无一全人”，而良医的匮乏，又在于他们连最基本的人体脏腑情况都没有搞清楚，批评同行们“治病不明脏腑，何异于盲子夜行”。
让王清任遗憾的是，因尸体遭野狗啃食，他没有能够观察到完整的“胸中隔膜”。王对这片膜非常感兴趣，认为它在人体脏腑中有着“最关紧要”的地位。他很想知道它的位置究竟是“在心下在心上”、它的生长究竟“是斜是正”。
为了补上这桩遗憾，此后的三十余年间，王清任又三次前往刑场观察尸体。一次在奉天府，因是女犯“不忍近前”，只见到了刽子手挖出来的心肝肺。另两次在京城，一次见到了脏腑，但“膈膜已破”；另一次因被处决者是朝廷重犯，“不能近前”，故皆未能如愿。直到道光九年，王清任才从一位见惯了死尸的前领兵将领处，间接得知了“膈膜”的真实情状。
至此，王认为自己“访验四十二年”，终于对人体脏腑的情况有了比较确切的了解，遂“绘成全图，意欲刊行于世”。这些图，后来被附在了他自己所著《医林改错》一书之中——王清任绘制的脏腑图，脾由竖置改为横卧；膈膜被正确画出；肺上也不再有“孔窍”；胰腺则是第一次出现……虽然与当代解剖学的观察尚有不小差距，但已比过去所有中文医学典籍的描绘与记载都要准确。
其批评《难经》，说它对心肝肺的描述具体到了“每件重几许”，对大小肠的描述具体到了“每件长若干”，对胃的描述具体到了能够装下谷米“几斗几升”，给人一种很真切、很值得相信的感觉，实际上却并不准确，作者没亲眼考察过脏腑，只是“以无凭之谈，做欺人之事，利不过虚名，损人却属实祸”，利己有限损人甚重，实在是不可取。
他还批评《金匮》对疾病的描述，并非真的了解病源，而是在玩弄似是而非的文字游戏。《金匮》里说受风会令人鼻塞喷嚏，又说受风会令人半身不遂，王清任质问道：“今请问何等风、何等中法，则令人鼻塞喷嚏、咳嗽声重、鼻流鼻涕？何等风、何等中法，则令人半身不遂？”——既然如此，请说一说究竟是什么样的风，什么样的中风方式，可以让人鼻塞打喷嚏；又是什么样的风，什么样的中风方式，可以使人变得半身不遂？
这种较真式的质问，是推动包括医学在内的科学研究往前进步的必要，却也引起了同行们的厌恶与反感。在他们眼中，王清任走得实在太远了。他不但质疑、批评《黄帝内经》与《金匮》这样的煌煌经典，还否认了“三焦”的存在，否认了传统
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