面全都是些因果报应之类的气氛，就连传教的人也都是一口胡言，什么信了教就身体好之类的东西堂而皇之的出现在大众面前。
究其原因，还是中国人的实用心理作怪，腊月二十三还要给灶神爷嘴上抹蜜的传统，又岂是外来人所能改变的。
宗教上的事情不担心，又迫切需要大量传教士带来的西方学问，朱由校干脆就抄袭了一段著名的话语，“大明百姓都有宗教信仰自由；任何人都不得强制别人信仰宗教或者不信仰宗教，信仰宗教的和不信仰宗教的都是大明的子民，不得歧视；朝廷保护正常的宗教活动，但不允许任何人利用宗教进行谋逆、鱼肉相邻、欺压百姓之事。”
这段话被内阁拟红的时候又加了一句，“大明宗教事务不允许外来势力干涉”，从此成了大明的宗教信仰指导方针。
在得知中国皇帝开禁，允许自由传教后，原先滞留在澳门的传教士迅速北上，还大力求援，让相邻地区的传教士到大明工作。
很快，大明的百工院就充满了各地的学者，可传教士们希冀的传教事业，却迟迟打不开场面。
传教士对此不满，想向徐光启抱怨，却被徐光启一句话给拦了回去，“大明百姓都有宗教信仰自由，任何人都不得强制别人信仰宗教或者不信仰宗教。”
新建立的百工院下设数学、动力、机械、农学、医学、土木建筑、火器等类别，给朱由校的印象更像是工程院，却是这时候最好的设置了。
百工院实际上并没有自己的研究机构，所有挂在他名下的研究机构都是内廷系统独资设立的。它只成立了学报供成员相互讨论学术，其成员被称为供奉，被授予准爵爵位，全都是各行业评选出来的佼佼者。
即便是这样，百工院也受到一些守旧人士的弹劾。但在朱由校的大力支持下，百工院终于坚持下来了。后来随着社会发展，基础研究和应用研究的差异越来越大，数学分科才从百工院独立出来，并入了新成立的科学院。