营内对免役法行废的争论也十分激烈。同知枢密院事范纯仁认为，“此法熟议缓行则不扰，急行则疏略而扰，委非其人，其扰滋甚”。苏轼说得更在理：“差役免役，各有利害。免役之害，聚敛于上，而下有钱荒之患；差役之害，民常在官，不得专利于农，而吏胥缘以为奸。”对免役法如何存利去害与司马光争得面红耳赤，但司马光固执己见，令苏轼私下里感慨大呼“司马牛，司马牛”。南宋吕中也以为：因其利而去其害，差役免役二法均是可行的。苏轼在这一问题上远比司马光通达。
五天恢复差役法的期限，只有知开封府蔡京如期完成，他是一个典型风派，很快从变法派阵营倒向反变法派。司马光高兴地说：“如果每人都像你这样，有什么不能贯彻的？”范纯仁对司马光说：“你这是让人不要说话。这与那些新近迎合王安石邀求富贵有什么不同呢？”
八月，范纯仁因国用支绌，建议仍行青苗法，很多人以为不妥。司马光正抱病在家，闻讯急忙入见高太后，追问是哪个奸人主张重新实行这个方法的，吓得范纯仁在旁不敢吱声。
王安石是这年四月辞世的。司马光认为，安石文章节义过人处很多，变法是因为不晓事体而喜欢更张，现在矫其失、革其弊，有人百般诋毁，我们应该对他优加厚礼，拯救风气。五个月后，司马光也去世了，这时新法已废除殆尽。
他俩曾是朋友，但大变法使他们成为政敌。尽管如此，他们所争的不是个人的权力，而只是治国方略的出处异同，对对方的人格才学仍抱着充分的尊重。在坚持自己政见上，他们都过份自信和固执，听不进不同意见，并以为自己这么做是忧国忧民。他们都是君子，但作为政治家，处理问题却过于绝对化，都或正或反的给当时的国计民生留下了种种问题。
王夫之这样描述以司马光为首的元佑更化：“进一人，则曰此熙丰之所退也；退一人，则曰此熙丰之所进也；行一法，则曰此熙丰之所革也；革一法，则曰此熙丰之所兴也。”王安石已经听不进不同意见，容不得反对人士，司马光对新法缺乏分析，不分是非，全面否定，一切复旧，比安石走得更远，做得更绝。连朱熹都讥讽这种一切以熙丰划线的思路，是“闭着门说道理”，因而“矫熙丰更张之失，而不知堕入因循”。
熙丰新法已经操之过急，元佑更化更是急于熙丰。南宋吕中指出：“去熙丰小人不可以不急，而变熙丰之法则不容以太急。”熙丰小人之说还值得商榷，但政局与制度的转圜承受不起这种大起落的折腾，还是说在点子上的。总的说来，司马光是一流的历史学家，却不是一个成功的政治家。
对变法派的打击也在不断升级。紧随蔡确、章惇、韩缜之后，吕嘉问、邓绾、李定等也相继被贬。范纯仁建议说：“录人之过，不宜太深。”高太后下诏，与前朝变法有关者台谏不必再追究，但立即遭到台谏官义正言辞的驳斥。
针对有人主张除恶务尽，吕公着处理问题比较稳健持平，以为治道去其太甚者，应该让那些变法派改过自新，不能使他们自暴自弃。但这种正确意见往往被情绪化的反驳所淹没。
吕惠卿早在神宗时就被贬出朝，那是变法派内讧的结果。现在，他遭到反变法派的清算，元佑元年，他被建州安置，一贬就是九年，其间他连冷水都不敢喝，唯恐喝了生病，被说成是对朝廷不满所致。
蔡确罢相以后，次年再贬至安州（今湖北安陆），出游当地车盖亭时作诗十首。知汉阳军吴处厚与他有过节，元佑四年得到这诗后就捕风捉影的作了笺注，上书中书，指斥蔡确曲折用典以唐高宗传位武则天事影射高太后。台谏刘安世等劾论不断，高太后大为震怒，命宰执讨论处理方案。
这时，吕公着刚去世，文彦博以平章军国重事提议贬至岭南。右相范纯仁对左相吕大防说：“贬至岭南这条路，自真宗干兴以来荆棘近七十年，我辈一开，恐难自免。”但终于决定将蔡确安置新州（今广东新兴）。纯仁对高太后进谏道：“朝廷不能以语言文字之间，暧昧不明之过，贬黜大臣。不能开这种先例。”御史中丞李常、中书舍人彭汝砺和侍御史盛陶也都反对这种罗织之风，都被贬黜。
宰相吕大防与执政刘挚向高太后建议为蔡确换一近地州郡，她在帘后厉声说：“山可移，此州不可移！”不久，纯仁也被罢相，因为竟有台谏指责他与蔡确结党，意气情绪已使部分反变法派不分是非曲直了。
蔡确一案牵连颇广，梁焘开出两张名单，一是所谓蔡确亲党，有章惇、蒲宗孟等四十七人，而是所谓王安石亲党，有吕惠卿、蔡确等三十人。蔡确最后死在贬所，朝野震动，新党就把这口怨气憋到绍圣绍述，吐还给了所谓的旧党，连开列名单的方式都为元佑党籍碑所效法。范纯仁等人的说法是深具眼光的，但当时的高太后与明清以后锻炼文字狱的独裁者并未从中得到警悟。
元佑五年，平章军国重事文彦博退了下来，吕大防独相，见熙丰新党反弹得厉害，便与门下侍郎刘挚打算引用一些新党，来点安抚，搞点“调停”。但遭到御史中丞苏辙的驳斥，他提醒高太后“勿使小人一进，后有噬脐之悔”。高太后以为说得在理，调停之说便断了下文。
司马光是一个有号召力的人物，自他去世后，位居要津的反变法派失去了凝聚力，这一现象在吕公着死后日渐加剧。除吕公着、吕大防、范纯仁和范祖禹等独立自守，不少朝臣大致按籍贯划分为洛党、蜀党和朔党。洛党首领是程颐，其下有朱光庭、贾易等，不少人都是程门子弟。蜀党首领是苏轼，其下有苏辙、吕陶等。朔党领袖人物有刘挚、王岩叟、刘安世、梁焘，其下成员颇多。如果说，他们在熙宁时与新党争辩新法，还是出于关怀苍生黎民的公心，那么，他们在元佑间分朋立党，除了学风旨趣那么点差异，剩下的就只有党派的私利和意气了。
元佑更化以后，程颐担任崇政殿说书，这是一个经筵官的差遣，为皇帝上课说经，他也真得以帝王师自居。人们对他说文彦博对皇帝还毕恭毕敬，他回答说：“他是三朝老臣，侍奉皇帝自应谨慎。我以布衣来为皇帝上课，不自重行吗？”这种酸味，与苏轼的风格格格不入。
司马光死后数日，朝廷大享明堂，事后大家去司马光邸宅吊唁，程颐以为于理不合，因为某天如果悲哀当哭，就不应该欢乐而歌。苏轼当即嘲讽道：“这是汉代蒙冤被斩于市的叔孙通制订的礼。”大概就在这时或前后不久，苏轼还送过他一个绰号，
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