以普通物权关系人的面目出现。特别是集体组织的土地承包经营权，其自然资源的物权关系是很容易混淆的。
法锁关系上，对于自然资源设定抵押权等担保物权的主要权利人应当自然资源所有权人，而不是自然资源用益物权人。自然资源所有权人能够做到的，自然资源用益物权人不一定都能做到；相反地，自然资源用益物权人能做到的，自然资源所有权人能够做到。自然资源用益物权人下放权利或者与他人共享权利，以及抵押权利或者转让权利，需要征得自然资源所有权人的同意；相反地，自然资源所有权人下放权利或者与他人共享权利，以及抵押权利或者转让权利，不需要征得自然资源用益物权人的同意。
社会关系上，自然资源利用制度就是力图平衡社会关系的法律制度。社会关系的内涵与外延是无限放大的。自然资源利用的法律关系、物权关系、法锁关系及其信托关系、合同关系、排他关系等，只是其中的一部分，或者说是社会关系上一些表现形式。更有甚者，社会关系要调整财富关系、劳动关系、分配关系和整个社会的福利关系。其中，自然资源的合理配置、合理利用等就是其中最重要的一环。
二、相同之处
1.自然资源利用制度主要就是指用益物权制度
自然资源利用制度，除了国家或者集体的信托所有权人使用制度以外，就是用益物权使用制度。
自然资源利用制度，基于自然资源有偿使用制度，就是效益型用益物权制度，属于二级占有、使用与收益，并与所有权中的一级占有、使用与收益形成耦合或者聚合、集合的物权制度。尽管专门法、行政法和民法通则中未使用效益型用益物权的概念，仅仅规定使用权的概念，并不能否定“自然资源有偿使用制度，主要就是效益型用益物权制度”的客观事实。
自然资源利用制度，基于自然资源无偿使用制度，就是就是享用型用益物权制度，属于二级占有、使用与收益制度，并与所有权中的一级占有、使用与收益形成聚合的物权制度。尽管专门法、行政法和民法通则中未使用享用型用益物权的概念，包括未使用地役权的概念，仅仅使用使用权的概念，并不能否定“自然资源有偿使用制度，就是享用型用益物权制度”的客观事实。
2.自然资源利用制度与用益物权制度的关系是基本对应的法律关系
自然资源利用制度与用益物权制度的关系，就是称呼不同而权利义务相当的法律关系。自然资源使用制度中从来没有“使用用益物权”的概念，只是用使用权代替了用益物权而已。用益物权实际上是个概括性的概念，物权法本编包括了土地承包经营权、建设用地使用权、宅基地使用权和地役权四大部分，称呼上并不称之为“土地承包用益物权、建设用地用益物权、宅基地用益物权和地役用益物权”，其中心词全是“使用权”的术语。
自然资源利用制度与用益物权制度的法制基础是一致的，都是建立在社会主义公有制之上，并使之服务于商品经济和市场经济的法律规范。土地资源、矿产资源、水资源和空间资源等资源与用益物权制度相对应。两者之间，总的来说，都相应地规定了有偿使用和无偿使用两大类别。
三、自然资源利用制度与用益物权的不同之处
1.特别法与物权法的规范方法途径不同
特别法以专门法对于某一门类进行专业对口的系统性规范，每部法律都有对应的侵权责任条款细则，威慑力均较强；物权法对于自然资源用益物权进行概括性规范，并以地役权来进行补充，但省略了侵权责任条款细则，威慑力均较弱。
自然资源利用制度主要是属于经济法、专门法和行政法政策物权规定的范畴，其政策物权的门类众多，相当仔细，与之直接相关的的制度还有自然资源权属制度、用途管制制度、资源税收制度、侵权责
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