李密领导的瓦岗军或许算是农民起义，但是作为农民军领袖的李密却不是农民，而且还是出生极好的贵族，然而在隋末的历史中还是有几个真正意义上的农民义军领袖。其中最为出色的就是窦建德和杜伏威了。
起义后的窦建德一直在自称“东海公”的高士达手下混，没有独立领军的机会。后来在大业十二年(616)十二月的时候，涿郡通守郭绚率兵万余人攻打高士达。高士达认为自己智略不及窦建德，便以窦建德为军司马，让其指挥作战。窦建德掌管兵权后，想树立自己的威信，便提议由高士达留下看守辎重，自率精兵七千人前去抵抗郭绚。窦建德假称和高士达不和前来投奔，郭绚却心怀疑虑。正值高士达也四处宣称窦建德背信弃义投降隋军，并将俘获来的一名妇女，当作窦建德的妻子，在军中杀掉。窦建德派人给郭绚递上降书，并说自己愿意作为先锋，带郭绚去攻打高士达。郭绚相信了窦建德，率兵至长河界地与他相会，共图高士达。郭绚部遂放松了对窦建德的戒备，窦建德抓住战机，发起突然袭击，大破郭绚军，杀略数千人，获马千余匹，并将逃跑的郭绚斩首。
自此，窦建德所率义军兵威大振。郭绚兵败后，杨广又派太仆卿杨义臣率兵万余前来围剿起义军。杨义臣于清河先歼灭了张金称的部队，由于杨义臣将所俘义军全部杀死，以至无人愿降，一些溃散在草泽中的残部相继投奔窦建德。杨义臣乘胜至平原，准备进入高鸡泊讨伐高士达部。窦建德见隋军士气正盛，便对高士达说：“历观隋将，善用兵者，唯义臣耳。新破金称。远来袭我，其锋不可当。请引兵避之，令其欲战不得，空延岁月，将士疲倦，乘便袭击，可有大功。今与争锋，恐公不能敌也”。但高士达却不采纳窦建德的避敌锋芒、以逸待劳、伺机破敌这个正确意见，留窦建德守营，亲自率精兵主动出击。初获小胜，便纵酒高宴，有轻杨义臣之心。窦建德闻讯后，说：“东海公未能破贼而自矜大，此祸至不久矣。隋兵乘胜，必长驱至此，人心惊骇，吾恐不全”。自率精锐百余人把守险要，以防高士达之败。结果。不过5天，高士达便被杨义臣所杀。杨义臣乘势追击窦建德，欲将窦建德所部全歼。追至北薄垒，守兵闻高士达败。皆溃败。窦建德寡不敌众，不能再战，只得率百余人突围而去。窦建德撤至饶阳，见饶阳守军没有防备。遂攻占饶阳。杨义臣见高士达已死，并没有将当时不出名的窦建德放在心
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