说：“恐宗社之忧，不在敌国外患，而即在庙堂之上也！”（《明史?叶向高传》）自作恶，不可活，神宗皇帝做太多，不可避免的要受到上天的惩罚。
正是由于万历帝怠政，使朝政出现危机，《明史?神宗本纪》论道：“明之亡，实亡于神宗！”
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造成的后果：
一、中枢瘫痪
万历帝怠政造成严重的朝政危机，朝廷中枢濒于瘫痪，具体说來，主要表现为三个方面：一是上下解体；二是宦官肆虐；三是党争激烈。
第一、上下解体， 明朝中央政府主要由内阁、六部、都察院等机构组成，万历帝长期“三不”，，不朝、不见、不批，造成朝廷中枢机构近于瘫痪，最典型的是政府官员的缺得不到补充，无人理事，到万历四十年（1612年）时，宰辅只剩下首辅叶向高一人，而且他也沒法工作，奏章上去就留中不发，沒人拿意见，许多问題处理不了，这位大学士、首辅也索性在家里头称病，三个月闭门不出，皇帝也不过问，吏、户、礼、兵、刑、工六部，只有吏部赵焕一位尚书，户、礼、工三部各只有一位侍郎，都察院自都御史温纯罢去后，八年沒有正官，因为刑部缺少处理刑法的官员，长期不能决案，积压案子数量多、时间长，引起在押人员及其家属的不满，于是犯人家属，集体在长安门前哭诉（《明史?方从哲传》），吏部尚书赵焕多次上疏乞求补充缺少的官员，万历帝都不批示，这工作可怎么做，赵焕就写了个辞呈递上去，准备辞官回家，但还是等不到回音，赵焕“遂叩阙前，出城待命”，遥望等待，仍无结果，赵焕只好于第二年“拜疏自去”，就是上了一道辞官的奏章，离职而去，（《明史?神宗本纪》）。
职能部门严重缺员，已经使政府机构运转不灵，而那些在位的阁臣，由于长期得不到皇帝的批示和接见，也无法开展工作，赵焕自动辞职后，万历四十六年（1618年），因为吏部无人负责，朝廷还是要他出來任职，这时已经77岁的赵焕只得复出，第二年，就是万历四十七年（1619年），明军萨尔浒大败后，辽东告警，京师震惊，吏部尚书赵焕“率廷臣诣文华门，固请帝临朝议政，抵暮，始遣中官谕之退，而诸军机要务废阁如故，焕等复具疏趣之，且作危语曰：‘他日蓟门蹂躏，敌人叩阍，陛下能高枕深宫，称疾谢却之乎，’帝由是嗛（xián）焉，考满当增秩，寝不报，焕寻卒，恤典不及”，78岁的吏部尚书赵焕，在明军萨尔浒大败之后，带领群臣跪伏在皇宫文华门外，坚请万历帝接见群臣，商讨守卫辽东的策略，他们一直跪到傍晚，得到的却是皇帝身体不适让他们回去的圣旨，赵焕情急之下说道：等到敌人兵临城下的时候，陛下您还能说因为自己有病而让他们退回去吗？就是在这么危急的关头，万历帝还是不理朝政，而且从此衔恨赵焕，赵焕不久之后去世，朝廷沒有给他任何恤典。
一些正直的官员屡次给万历帝上疏谏言，有的写得很激烈，有一个官员叫雒于仁，他写了一个奏疏，叫《酒色财气四箴疏》，批评万历皇帝酒、色、财、气四样俱全，万历皇帝很生气，要严厉处置他，多亏一些官员挽救才得幸免，这些官员说如果您对他加以重刑，外界会误以为您真的有他提到的那些毛病，还不如显示您的宽大包容，让他离开任所削职为民算了，昏晕的神宗皇帝竟然听从官员的话语，结果，雒于仁被斥为民，捡了一条小命，总之，对万历怠政提出批评的官员，大都遭到惩罚，