分别给尼米兹和麦克阿瑟下达了命令，命令尼米兹将军于6月中旬占领马里亚纳群岛，并同意以该岛为基地对日本本土进行轰炸.为此，李.梅尔将军的陆军太平洋战区战略轰炸机司令部应作好b一29机群进驻该岛的准备工作.命令麦克阿瑟在此后5个月内，在太平洋舰队的部份舰队的支持下入侵棉兰老岛.
美国人在太平洋上的新举措迫使日军大本营不得不重新调整防御，日本海，陆两军对战争经费，战略物资，以及制造武器的工厂拚命的争夺.其中在飞机的生产和分配问题上显得尤为激烈，因为两军都开始认识到了，要取得胜利得有强大的空中力量.最后，两军同意平均分配本年度生产的4万5千架飞机.但是在一个月后，海军要求将他们应得的数量增加到2万6千架.
东条默许了海军的要求，但这个提议却遭到陆军的强烈反对.日本军方大本营一直以来想依靠海军能打胜与美国人的海上‘决战‘来扭转被动的战争局面，但中途岛及瓜达卡拉尔战役的失败使这个梦想破灭了.以后陆军将在太平洋战争中担负起主要作用，位于正在挺进的美军和日本本土之间的几百个岛屿将成为‘永不沉没的航空母舰‘要成为未来的陆战基地.海军是靠不住的，因此大部份飞机应调拨给从事这些战斗的主要军种-------陆军.
只有东条英机自己心中明白，他之所以默许海军的要求是为了搞好与海军的关系，但显然陆军的意见是正确的.于是东条让大本营参谋次长佐藤荣作中将通知海军，要重新考虑轻重缓急的次序，海军当然不肯让步.在随后于皇宫召开的两军参谋长会议上，两军公然争吵开了.海军大将永野认为与美国人的关键战役还是要在海上打，已晋升为陆军元帅的陆军总参谋长杉山问道:
‘如果把你要的飞机如数给你，海军能改变目前的战争形势吗?‘
永野气得脸色铁青，他怒气冲冲地反驳道:
‘我当然不能作出那样的保证，如果把飞机都给你，你能保证改变目前的战争形势吗?‘
岗田海军大将提议大家都在想一想，喝杯茶再开会.不一会所有的与会者都冷静下来了，但问题仍未得到解决.佐藤荣作独出心裁，提出了一个值得怀疑的解决方法，他提议，集中力量生产战斗机，少生产一点轰炸机，力争多生产5000架飞机，使总数达到5万架，两军平分，这样海军可以得到25000架，只少了1000架.作为弥补拨给海军3500吨铝.海军总算表示同意了.
争吵算是平息下来，但越来越恶劣的军事形势带来的一大堆问题依然存在.特别是塔瓦拉和夸贾林岛的陷落，这一连串的灾难促使大本营不得不采取措施了.佐藤荣作中将建议将部队撤回菲律宾，在那里与美国军队决战.这一来势必主动放弃卡洛林和马里亚纳群岛，这个建议使东条勃然大怒，他怒斥陆军总参谋部:
‘在去年的御前会议上，陆军曾将最后防线定在卡洛林群岛和马里亚纳群岛，现在半年不到，你们又想一仗不打地放弃它们.这一来不是给美军敞开大门了吗?难道你们不知道，在它们的后面就是硫黄岛和冲绳岛，这已经是本土了，这样肯定不行!‘
但是参谋本部坚持自己的意见，在那一片地区内日军只有7个机场，美国人一阵轰炸，就会使它们失去作用.但在菲律宾那就不同了，那里有几百个岛屿可以作为基地，最后一仗应该在那里打.如果打输了，就根本没有能力再打下去了，如果能坚持下来，然后就可以寻求和平的途径，使日本能在保住面子的前提下，任何条仵都可以答应，力求结束战争.
东条英机更加气愤了，他怒吼道:
‘别再提什么‘和平‘，‘谈判‘了!这会影响到整个帝国军队的士气的!‘
东条决心改组这个不听话的陆军总参谋部，东条建议杉山总参谋长辞职，由他自己亲自兼任总参谋长.杉山抗议说，这是违反日本长期以来的传统的，不能由一个人既要作出政治决定又要决定军事问题.发生在斯大林格勒的灾难，就是希特勒集德国军政大权于一身的后果.但东条已下定了决心，他说，希特勒是下士，而自己则是大将，这是不能相提并论的.这次谈话的第二天，东条就解除了杉山的职务，而由自己取而代之了.
东条英机己本能地感到，日本己不可能打赢这场与中国人和美国人的战争了，他开始寻求结束战争的和平方式.他秘密地召见了德国驻日本大使欧根.奥特将军，他要大使转交他给希特勒的建议.他认为德国和日本应秘密地和同盟国接触，争取结束战争实现和平.如果希特勒能派出一架飞机，他将稳密地飞赴柏林，就细节问题与元首交换意见.希特勒的回答很婉转但却十分冷淡，希特勒说，他不能冒让日本首相乘座德国飞机坠毁遇难的危险.东条的‘简单头脑‘使希特勒十分鄙视他.希特勒曾私下对他的副官说过:
‘这个日本首相不是有神精病就是个白痴，要知道事情不是他想的那么简单，发动战争容易要结束可就难啦!‘
在日本军方同样有人在谋求和平结束战争，但原因却不同.其中最重要的人物是高木物吉海军少将，他曾奉鸠田海军大将的命令，彻底研究和分折从绝密挡案中找出日本在此次战争中所犯的错误，高木是个敏锐的情报专家，他对于日本海，空力量的损失分折，
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