南京城全部陷落之后，天军为了快速打扫战场，逼迫城内百姓抬尸体，稍有反抗者则痛杀之。为了强调天国的政策思想，洪秀全下令将南京城内的百姓分开，实行“男馆”“女馆”制度。夫妻父子分离，百姓无不痛哭，然而洪秀全没有怜悯。凡有反抗或者哭泣的人都一律抓起来毒打勤或者杀死。因此南京城内的百姓自尽竟不下万余人，因不满而逃起者万余。更有上万余人因为不满天国分馆制度而被抓起来送到城外江中，投进江水之中淹死。
天军攻破南京城，严重的威胁到了在上海的列强的利益。为了稳定民心，为了安定洋人，太平天国在杨秀清的主张之下出版了一本《定都天京论》大肆喧扬南京城的好处，以此来证明天国没有攻伐列强之心。
南京城破，咸丰能知道只是一些被历史掩盖了真像的东西，而如太平军在南京城的两次杀戮却是一点也知道。叛乱，不管他多有“正义性”其受苦的始终都只是那些手无寸铁的平民百姓。天军在南京城的杀戮一经传开，南就周边的百姓纷纷逃离家园，远走他乡。于是造成了南京周边赤地千里，农田无人种的场面。洪秀全打着摧翻清朝爆政，为百姓建造一个人人平等的世界的旗帜，却另一方面对百姓进行惨无人道的迫害与杀戮，岂不可笑无比。
六月，当僧格林沁正在北方，挥军消灭捻军残余势力的时候，当天军再一次打败反扑而来的江南江北大营之后。天军坐稳了南京这座历史悠长，繁华无比的大都市。只是经过天军一轮清洗衣之后，原来繁华的大都市已经变成了一座鬼域，人口少了一半还多。由于天军在南京城里没收了人民的财产，经济也随之萧条一片，再无人也来天京做生意。
而此时太平天国的高层之间却没有注意到这些他们正在准备着再一次的扩大天军占领区的计划。六月，天国领袖人物天王洪秀全等人在刚刚落成的天王府里招开了第一次王国政治会议，讨论了天国未来的战略方向。经过将近几天的会议，众王爷与将领制定了以天京为中心，实行“西征东进南拒北伐”战略方针。经过一个多月的准备，天军发兵二十五万，以翼王石达为主将，开始西征，兵发江西南昌，湖北武昌等地，同时太平天国还以大将林绍章这将领兵十万进入湖南境内岂图消灭盘据在湖南，对天军威胁最大的向荣与左宗棠的湘军部。而在北方，天军以国宗赖汉英，大将胡以晃为将，兵发安徽，威胁江北大营，经略安微等地。
六月末，天国收到来自淮北的捻军残部的求援消息。盘据在淮北等地的捻军起义军被僧格林沁与肃顺一步步残食得只能在安徽州，六安，三河等狭小的区域之中垂死挣扎。无奈之下，原本与太平天军毫无关系的捻军首领决定接受天国的领导，请求天军北上支援。洪秀全正在天京做着皇帝过瘾呢，听说在北方咸丰的脚下有这样一支部队愿意听从自己的领导，又为了恫吓一下远在北京的咸丰，洪秀全决定发兵北上支援捻军，同时见机行事，能直下北京就再好不过了。于是洪秀全于咸丰三年七月初以李开芳，林凤祥为主要将领，率精锐天军三万余人北上。
话说三头单表一支。且说李开芳等人率领精锐的三万天军经安庆，过池州，直上安徽中中心重镇庐州，庐州是江北大营主帅琪善的大本营，虽然一路上天军北伐军势如破竹，攻无不克，但是到得庐州之后，李开芳等人终于遇到了一块硬骨头。由于天军在南京城做得太过了，消息传到安徽之时
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