聂士成率武卫军第五师，抢先攻克南京的将南京城外重要据点龙脖子攻克。此处地势高，可俯看南京城，压制天军炮火，而鄂军胡林翼则率军进围到了南京城的神策门与太平门之外。至此天京真正地只余下一座孤城南京了。由于杨洪内烘，太平军内部早已人心离散，对清军的进攻，都只进行消极抵抗，大军或一触即溃，或直接率军投降清军。
此时南京城内一片哀鸿，杨秀清派人将城内粮食物资全部收集起来，只定量发给天军和一些城民。百姓于城中饥肠辘辘，饿死无数，尸体充野，却无人填埋。于清军进攻之日饥饿难耐的南京城民聚集起来手执木棍等物，在城内闹事。杨秀清闻言大惊急命其弟杨辅清率部镇压，打死闹事百姓数千人。
至此杨秀清与天军各将更加离心离德，是夜南京太平军将领聚集商议欲立干王洪仁玕为众将首领领导南京天军。众将一拍即合，当夜便各领本部人马兵围天王府，悄无声息地杀了进去，将正与王娘乌山云雨的杨秀清抓获，并当场杀死，既而大开杀戒将杨氏一门满门都诛除了。
守将绍永宽与李容发前去延请镇守南京城内治安的干仁玕，并请其代众将定夺天军去留。洪仁玕到时天王府城一片死伤狼藉，悲愤欲死，却是无可奈何，只得听众将的建议，接手南京政务，成为新的天王。
洪仁玕本是天国里面最为不争权的一个，与石达开互为好友，在天军定都南京之时便提出了许多建设天国经济的建议，并参与了天国的各项律法的创立。他一心在于天国经济建设，曾提出过建立类似于今天的银行的建议，却没有得到当时的洪秀的同意而一直未能达成心愿。
洪杨内烘，洪秀全中伏身死，杨秀清为了拉拢人心，依旧任洪仁玕为干王，并对其提出的建议毫无保留的支持。只是当时天国危及，根本不容洪仁玕施展天京被清军围困了。于是他也只能随着杨秀清过一天算一天，心中志愿早已死去。
见杨秀清已死，众将都有归降之心，而无抵抗之意。洪仁玕便当夜与众将招开紧急会议，建议派人出城与清军商谈投降。众将轰然应诺，并由带头起事的绍永宽连夜出城与清军商谈。绍永宽到达清军太平门外的大营时，清将众将也在这里商谈第二天攻打南京城的度划，突然听说城内发贼派出人来和谈，一时相视莫名。
绍永宽唯唯诺诺地将洪仁玕与众将的意思说与胡林翼与聂士成、张宗禹等将听了。意思只
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