修者李希程曾就户口增长情况解释说，“户口渐增，由分户所致，非实增也”。宛平县令沈榜也指出，历届知县审编的丁数，“率多逃绝不堪，名存实亡”。而在人稠地狭的南方，从洪武时期开始，对人口的调查和登记就不如北方严密，脱漏人口较多，这种情况到明代中后期更加严重，各地普遍是“密于田土而疏于户口，故土无不科之税，而册多不占之丁”，隐瞒户丁的现象十分严重。而明代中后期南方商品化、城镇化发展迅速，也导致大量人口脱离了土地和户籍。徐渭曾谈到浙江会稽的人口问题，谓“不丁不籍者奚啻三倍之”。何乔远记述福建的情况，谓“今庶民之家，登册者名为官丁，不登册者名为私丁”。叶春及谈及广东顺德的情形，谓“豪党之家，与吏为市，丁数十而一登政，虽重乎实数十人共之也”。江西南昌的地方志也指出：“按隆庆六年后，户几三十万，口几九十万，此著成丁耳。其未成丁及老病男女，奚啻百万，而每户未报者，总亦不下数十万，流民移户尚不在此数，是几二百余万口也。”
因此，根据地方志中的户口数据估算明代的人口增长率，很容易将北方估计的偏高而将南方估计的偏低。一些根据族谱资料所作的微观历史人口学的研究，尽管尚处于起步阶段，也在一定程度上为估测南方的人口增长率提供了有益的参照。曹树基曾研究过明清时期移民氏族的人口增长问题，样本显示的安徽沿江平原地区以50年为期的人口年平均增长率变化情况是：1401—1450年为8.7‰，1451—1500年为10.7‰，1501—1550年为7.9‰，1551—1600年为7.6‰，1601—1650年为6.2‰，若通算1401—1650年则为8.3‰，1501—1650年则为7.3‰；湖南长沙地区的情况是：1501—1550年为12.9‰，1551—1600年为－0.4‰，1601—1650年为3.6‰，通算1501—1650年则为5.3‰。特尔福德（teda.telford）对安徽桐城的出生率和人口增长作了研究，人口年平均增长率变化情况是：1494—1524年为10‰，1525—1534年为9.4‰，1535—1544年为7.2‰，1545—1554年为6.7‰，1555—1564年为5.2‰，1565—1574年为8.2‰，1575—1584年为6.5‰，1585—1594年为0.9‰，1595—1604年为－0.3‰，1605—1614年为1.2‰，1615—1624年为6.2‰，1625—1634年为15.3‰，1635—1644年为16.4‰，通算1494—1644年则约为7.5‰。从这些数据看，尽管各地区、各宗族的人口增长在长时期中可能会有较大波动，而且总体看来明代中后期人口增长率呈下降趋势，但通观15世纪初至17世纪中的250间，南方人口的年平均增长率比上述学者所想像得要高出不少。当然，移民宗族和强宗大族的人口增长速度相对来说可能会快一些，因此不能把上述增长率普遍运用于整个南方地区。
将方志记载的人口数据与南北社会经济情况通盘考虑，我认为在估计明代的人口增长情况时，可在曹树基的估计值的基础上，将北方适当下调，南方适当上调，在全国采用5‰的年平均增长率。这样，以洪武二十四年（1391年）的总人口数7055万人为基数，乘以5‰的年平均增长率，到万历二十八年（1600年）应有1.9亿人。此后人口是否还有增长，学者们的看法亦不一致，但考虑到自此直到明亡的40多年间，天灾人祸频仍，人口纵有增长，恐怕也十分缓慢。因此，万历二十八年的估计人口数，大致可以视为明朝的人口峰值。