洪武以后直到明末的户口数，《明实录》、《大明会典》、《后湖志》等书有不少记载，而各地方志中记录的本地户口数据就更多。但是，正如研究过明代户口数额问题的学者们普遍指出的，除北方一些地区外，大部分地区的数据质量极差，未能反映出明代人口发展的真实状况。因此，学者们最常使用的方法，是通过检验有关数据推测出明代的人口年平均增长率，再以洪武后期的全国总人口数为基数，推算出明代后期的总人口数。由于对洪武后期人口总数的估计不同，对明代人口增长率的估计也颇有分歧，所以对明代人口峰值的估计相差极为悬殊。以下围绕明代人口增长率问题进行一些讨论。
较早对明代人口增长率作出估计的是何炳棣，他对比了《后湖志》记载的“洪武二十六年”和嘉靖二十一年（1542年）两个户口数字，发现北方人口有较大增长，而南方人口却有较大下降；他计算出北方5省的人口年均增长率是3.4‰，并认为南方人口增长率应稍高于北方，遂推测万历二十八年（1600年）总人口数约有1.5亿。这样，他使用的人口年平均增长率约为4.19‰。赵冈赞同何氏对明代人口呈稳步增长趋势的判断，但觉得何氏的估计太过保守，他认为明代人口年增长率不会低于6‰，到万历十八年（1590年）达到人口高峰时约有2亿左右。王育民基本同意何氏的估计，认为可以年平均增长率3.5‰计算，再加上不在民籍的其他人口，到1600年总人口为1.5亿人。葛剑雄则认为，在一个持续了200年的和平时期里，4.19‰的人口年平均增长率显然太低，而南方农民的生活质量要高于北方，其人口增长率比北方要高得多，也应该高于4‰不少；他主张应以年平均增长率5‰计，这样到万历二十八年应有1.97亿人，此后还可能有缓慢增长，明代的最高人口数额当已接近2亿。后来在与曹树基合写的一篇论文中，由于调高了洪武时期的总人口数，他们更测算到1600年人口总数达到2.05亿，并认为还存在着更高的可能。黑德拉也认为何氏严重低估了明代后期人口规模，并以从1500年至1800年人口增长率出现缓慢下降趋势这一认识为基础，设想了高、中、低三组人口增长率数值：1380至1500年，高值为6‰，中值为5‰，低值为4‰；1500—1600年，高值为5‰，中值为4‰，低值为3‰；1600—1650年，高值为4‰，中值为3‰，低值为2‰。她认为低值是令人难以相信的，或许取高、中之间的值比较合适。以中值计算，到1600年人口应为2.3亿，至1650年应为2.9亿，如以高值计算，1600年应为2.9亿。
曹树基最近对明代人口增长率重新作了全面考察，对何炳棣等学者的看法提出批评，也修正了他自己以前的估计。据他观察，北方地区在弘治以前册载户口数还呈上升趋势，但到正德以后却开始下降，说明此时册载户口数已绝不可信，而何炳棣将嘉靖年间的人口数与洪武时期的人口数进行比较，自然会低估明代的人口增长率。他分府考察了有关资料并加以推测，认为在北方大多数地区，明代的人口年平均自然增长率大致可达到5‰—8‰。他还搜集方志中的零散数据对明代南方的人口年平均增长率进行估测，得出了与何炳棣的估计相反的结果，即南方的人口年增长率比北方要低，只有3‰—4‰。综合南北各地区的情况，明代人口年平均增长率约为4.1‰，到崇祯三年（1630年）约有人口1.92亿。陈剩勇也对明代官方记载中人口的“北增南减”现象进行了初步考察，认为明代江南地区户口统计中的确存在着相当严重的隐漏现象，何炳棣等学者的解释有一定道理；但他又指出，以北方人口的增长率推论同期南
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