作长期斗争准备。后任西满军区副政治委员、司令员，中共西满分局副书记、代理书记，是建立西满根据地的主要领导人之一。 1946年1月，任西满军区司令员、中共西满分局吉林双辽郑家屯）副书记、代理书记。3月，指挥所部攻占四平、长春、齐齐哈尔等地。4月，新四军第3师主力参加四平保卫战。1947年8月，任东北民主联军副司令员兼后勤司令员、政委，主持东北民主联军后勤工作。1948年4月，任中共冀察热辽分局书记兼军区政委、东北野战军第2兵团政委，领导冀察热辽军民医治战争创伤，支援东北战场南线作战。1949年1月，任天津市军管会主任、中共天津市委书记，提出“接管建政，安定秩序，恢复生产，进行民主改革”的工作方针。
中华人民共和国成立后，1949年8月，任中共湖南省委书记、湖南军政委员会副主席、湖南军区司令员兼政委。从所在新解放区的实际出发，灵活地执行把党的工作重心由乡村移到城市的方针，注意城乡兼顾，着力抓好农村工作，领导清剿国民党残余部队和土匪，镇压反革命和进行土地改革，迅速安定社会秩序，恢复并发展生产和文教事业，组织支前，解决百万大军南下供给做了大量卓有成效的工作。1952年10月，调任人民解放军副总参谋长兼总后勤部部长、政委、主持建立人民解放军后勤工作的规章制度，提倡顾大局，反浪费，勤俭建军，为保证抗美援朝和国防建设的后勤供应作出了贡献。1954年9月，出任中共中央军委秘书长、国防部副部长，协助彭德怀主持军委和国防部工作，组织制定国防战略和军队建设的方针政策及各种条令条例，实施军队精简整编和重大制度的改革，调整组织机构，参与领导国防施工和军工生产，为巩固国防，加强军队建设，实现中国人民解放军由单一兵种到诸军兵种合成的战略转变作出了重要贡献。1955年9月，被授予中国人民解放军大将军衔，并获一级八一勋章、一级自由独立勋章、一级解放勋章。1958年10月，兼任总参谋长。参与制定军队现代化、正规化建设的方针和各项规章制度。他自1954年起为中共中央军事委员会秘书长。
1959年在中共中央政治局扩大会议（庐山会议）上，彭德怀因反对“大跃进”等“左”的错误，上书毛泽东提出不同意见，在大会上受到批判。黄克诚在会议中间被叫到庐山批判彭德怀，却在会上公开表示同意彭德怀的看法。中央常委***、周恩来等找黄克诚谈话，要他与彭德怀划清界限，但他仍“执迷不悟”。黄克诚在关键时刻的表现，让毛泽东深深失望了。结果，黄克诚被撤销中央书记处书记、军委秘书长兼总参谋长职务，打入“彭德怀反党集团”，一顶右倾帽子整整戴了20年。
1977年12月出任中共中央军委顾问。1978年在中共十一届三中全会上被增补为中央委员，并被选为中央纪律检查委员会常务书记。1982～1985年为中共中央纪律检查委员会第二书记。1985年9月，由于健康原因，辞去领导职务。1986年12月28日，因病在北京逝世，享年84岁。
在共和国的开国将领中，黄克诚是因讲真话被罢官次数最多的一位。他一生以敢于直言著称，从不察言观色、人云亦云，也从不患得患失、违心屈服。有人讲，黄克诚天生后脑勺上长“反骨”。他一生都勇于扮演“反派”角色，在关键时刻他总是唱“反调”。1927年12月，第一次大革命失败后，黄克诚回到湖南省永兴县，开始秘密组织农民武装起义。蒋介石的大屠杀早就使一些革命者心里窝了一肚子火，在一次特别支部大会上，黄克诚传达了湘南特委提出的暴动口号，与会人员一听要求立即行动。黄克诚说：“暴动的事，我赞成，但时机还不成熟，缺乏群众基础，等组建起工农武装队伍后暴动也不迟。”他的同窗好友马上指责他：“胆小鬼，就你怕死，我看你是右倾机会主义者。”其他人也纷纷加入群起而攻之的行列，这是黄克诚第一次作为右倾机会主义者遭到批判；1928年1月，湘南暴动后，湘南特委提出所谓“焦土战略”，命令各县大烧大杀，以此阻止敌人的进攻，老百姓为此不得安生。黄克诚在讨论湘南特委的指示时，坚决反对这种错误政策：“烧房子的做法不得人心，我不赞成。”县委书记严厉地对他说：“就由你负责烧县城，看你烧不烧，否则我就给你处分。”黄克诚想出了一个折中的办法：指挥部队只烧了衙门、祠堂和个别商店，而把县城的大部分房屋和商店保留了下来，但是他被撤销了县委委员职务；1930年7月，以李立三为代表的“左”倾冒险主义统治了中央领导机关，把中心城市的武装暴动看成是决定中国革命胜负的关键，提出了“攻打武汉、饮马长江”的口号。1930年7月中旬，红三军团、湖南省委、湘鄂赣特委在平江县举行联席会议，作为支队政委的黄克诚提出：“现在提出夺取武汉的主张是不现实的，因为目前根本不具备夺取武汉的条件。”他的发言立即受到与会者的严厉批评。军团政委贺昌试图说服他承认错误，他拒不认错，大声表示：“现在不服，将来也不服，准备再和你争论20年。”据此，红三军团撤销了准备任命他为纵队政委的决定。彭德怀对他说：“提了没用不如不说，下一次你少放炮。”他说：“这做不到，明知不对，让我不说，杀了也不干！”；1931年夏黄克诚担任红三师政委，被从反“围剿”前线召回，肃反委员会交给他一份“ab团”分子名单，要他照单抓人。他据理力争，愿用脑袋担保这些人没有问题，结果遭到严厉训斥。他便让点名要抓的人暂时上山躲起来，此事被肃反委员会发现，躲藏的人不久被杀害了。黄克诚质问肃反委员会的人：“为何滥杀无辜？”结果肃反委员会以“同情和包庇反革命，破坏肃反”的罪名，欲将他处决。军团长彭德怀闻讯后，火速从前线赶回，黄克诚才幸免一死，但被撤销了师政委职务，到军团司令部当了一名秘书；1932年10月，黄克诚任红三军团第一师政委不久，临时中央再次推行“左”倾冒险主义，指令红军攻打赣州。他和彭德怀吵了起来：“你这是半个立三路线！”结果打赣州失利，黄克诚为减少损失，带领部队主动撤出战斗。赣州战役后，红三军团政治部专门为黄克诚开了一个广昌会议，集中批判他的错误。他据理力争，拒不检讨，还批评上级推行“左倾冒险主义”，又一次被撤销师政委职务，到红三军团教导营担任政委。彭德怀找他谈话说：“再提意见，你就要被撵出红军了。”他说：“我又不是哑巴，怎么能有话不说！”；1935年1月，红军第五次反“围剿”挫败后被迫长征，攻占遵义后，黄克诚向上级建议：“老根据地已经丧失，主力红军又受到重大打击，剩下的部队已经不多了。当前应保存实力，尽量避免与敌人硬拼，为中国革命保存一点火种和骨干。”结果，他被怀疑对革命悲观失望，缺乏信心，被点名批评为“右倾机会主义”。他再一次被撤销师政委职务，到师司令部担任侦察科长；1942年，饶漱石任中共中央华中局代理书记兼新四军政委，独揽党政军大权，采取不正当手段，排挤
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