新四军的整编工作。在1941年初的苏中、苏北根据地反“扫荡”期间，指挥新四军第一师主力，打垮了公开投降日寇的国民党李长江部，并部署苏中新四军和淮南地区军民作战数十次，胜利地粉碎了日军对抗日根据地的“扫荡”。1941年5月中共华中局成立，并同时组成中央革命军事委员会华中分会，赖传珠任华中局常委和分会委员。参与了华中局高级干部会议和华中军分会扩大会议的组织领导工作，对会议的成功作出了贡献。特别是在军事建设方面，对加强军事训练和司令部工作建设，健全司令部机关和提高干部的组织指挥能力，提高部队的战术、技术水平，建立严格的政治、军事纪律以及培养坚决服从命令的作风，都倾注了全部心血和精力。之后，又协助陈毅代军长指挥新四军部队，粉碎了日军的多次“扫荡”、蒋介石发动的第三次**高潮，以及战略反攻阶段的攻势作战。
抗日战争爆发后，赖传珠奉命从延安奔赴南昌，担任新四军参谋处处长，协助新四军参谋长张云逸、副参谋长周子昆主持军部参谋工作。新四军各部的整编与集结、开赴皖南、挺进敌后，抗击敌、伪、顽，无不倾注了他的大量心血。
1941年1月6日，国民党反动派悍然制造“皖南事变”。1月20日，中共中央军委命令重建新四军军部，任命陈毅代军长，***任政治委员，张云逸任副军长，赖传珠任参谋长，邓子恢任政治部主任。1月25日，新四军军部在江苏省盐城重新成立。此后直至1945年10月，赖传珠担任新四军参谋长长达5年之久。他协助***、陈毅、张云逸领导华中抗日军民，多次挫败了日伪军的“扫荡”、“清乡”和国民党顽固派的军事进攻，为创建和发展华中抗日根据地做出了重要贡献。
抗日战争胜利后，任新四军第一纵队政治委员。后调东北战场任东满军区副司令员。1947年9月任东北民主联军第六纵队政治委员。在此期间，先后率部参加了三下江南、四保临江、攻打锦州等战役和围歼廖耀湘兵团的辽西会战，为东北全境的解放作出了重要贡献。1948年11月，赖传珠任东北野战军第四十三军政治委员，率部队迅速入关，与兄弟部队一起完成了对北平之敌的包围。1949年1月升任第四野战军第十五兵团政治委员，率部进军中南，并参与了解放海南岛战役和解放万山群岛作战的指挥。
全国解放后，1950年8月，赖传珠调任第四野战军第十三兵团政治委员。1950年9月，调任军委总干部管理部第一副部长，协助罗荣桓部长统一管理全军的干部工作，逐步建立起一套正规的干部管理制度。后又协助罗荣桓，为积极贯彻中共中央的建军方针和建校培养干部人才的决定，作出了巨大的努力。1953年底中央军委召开扩大会议，就人民解放军的编制、训练、党委制度，以及实行义务兵制、薪金制、军衔制等重大问题作出新的规定。会后，为贯彻落实会议的精神和具体实行各项新的制度，做了大量的组织领导工作，对推动人民解放军的现代化、正规化建设进程作出了贡献。1955年被授予上将军衔，荣获一级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。1958年10月，赖传珠调任北京军区政治委员。1959年10月，调任沈阳军区政治委员，所树立的雷锋和模范红九连等先进典型，对全军全党全国人民的思想建设起到了重要推动作用。他是第二、三届国防委员会委员，第一、二、三届全国人民代表大会代表。赖传珠于1965年12月24日因病在沈阳逝世，终年55岁。