赖传珠主持召开党支部会议，作出决定：坚决制止打骂士兵，自觉执行《三大纪律，六项注意》，不许损害群众利益。古田会议后不久，赖传珠升任红四军二纵队四支队政治委员，后来又先后担任团长、团政治委员、师参谋长、师政治委员等职务。无论担任什么职务，他都为深入贯彻古田会议而不懈努力。1930年6月，赖传珠升任红四军第十一师第三十一团政治委员。12月底率部参加了第一次反“围剿”作战。1931年5月，任第三十三团团长兼政治委员，率部参加了第二次反“围剿”作战。8月，调任第十二师参谋长，参加了第三次反“围剿”作战指挥，并连战连捷，取得了歼灭国民党军韩德勤师的战绩。1931年10月，赖传珠先后任第十一师第三十团、第三十一团政治委员。十二月，宁都起义部队改编为红五军团后，任红五军团第十三军政治部秘书长，为在起义部队建立政治工作制度，进行思想政治教育和组织整顿作出了重要贡献。1932年任红十三军第三十七师政治委员。后到红军大学学习，毕业后先后任红五军团第三十七团政治委员、军团政治部地方工作部部长，红一军团第五团政治委员。所率第五团屡建战功，获模范红五团的光荣称号。
1934年10月，红一方面军开始长征，赖传珠任红一军团第一师政治委员，率领部队掩护红军主力突围。随后，又率部担负起红一方面军全军的开路先锋任务。1935年4月23日，他率领红五团来到滇西黄泥河。尾追红军的国民党军薛岳纵队突然出现在红军侧翼，给正在向金沙江前进的中央纵队造成严重威胁，情况十分危急。其时，红五团团长正患重病。赖传珠不待上级命令，当机立断，立即指挥部队抢占山头，坚决挡住敌人前进。全团4挺重机枪在他的指挥下喷者火舌，将敌人压在山脚下。战斗至中午，自恃人多的敌军官端起机关枪，赶鸭子般地威迫敌士兵蜂拥着向红五团阵地冲来。眼看敌人就要逼近阵地，赖传珠命令部队上刺刀，他自己也拾起身旁的一支步枪，安上刺刀，准备与敌人决一死战。刚要带头跃出掩体，一颗子弹打进了他的胸膛。鲜血立时从他的胸前涌出。他的警卫员于占鳌见状，赶紧上前将他扶至较为安全之处，对伤口进行简单包扎。战斗仍在激烈地进行。赖传珠强忍着伤口巨痛，一直在阵地上坚持指挥战斗，直至黄昏，才胜利完成了掩护任务，使党中央和中央军委脱离陷境。 因伤势严重，赖传珠被送往军团卫生队治疗休养。之后，调任第一军团政治部组织部副部长、第五团政委，他率领第五团参加了第二次攻打遵义和掩护主力四渡赤水等重要战斗，并在胸部负重伤的情况下坚持参加了长征。长征结束后，先后担任红一军团组织部副部长，红一方面军司令部第六科科长，中共陕甘宁省委政治部部长兼军事部副部长。1937年1月，代理中共陕甘宁省军事部部长兼合水工作委员会主任。
抗日战争开始后，南方8省红色游击队统一整编为国民革命军陆军新编第四军，赖传珠被任命为参谋处处长。新四军江北指挥部成立后任参谋长，成为张云逸总指挥的得力助手，完成了编制和各种制度的制定，起草了建军中的政治工作、民运工作提纲和恢复政治委员制度等文件。面对国民党顽固派不断制造摩擦，始终保持着高度警惕，主持召开反顽会议，制定反顽措施，调配兵力，并指挥部队进行反击作战。1940年底，黄克诚率八路军第二纵队南下与新四军会合后，成立了统一指挥华中八路军和新四军的华中总指挥部，赖传珠任参谋长。皖南事变后，任新四军参谋长，参与了
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