1939年6月，在毛泽东支持下，由他组织抗战建国教学团，他率团在晋察冀用半年多时间，考察15个县500多个村庄，写成10万字的《华北敌后――晋察冀》一书出版。到重庆后，正是国民党发动第二次**高潮时期，他接受周恩来的建议，经昆明去缅甸。到昆明后，国民党当局不给办出国护照，去缅甸的计划未能实现。1942年底，在中共地下组织帮助下，他在昆明创立北门书屋，经销进步书刊。一年后发展为北门出版社，聘张光年为主编。1944年9月，他代表云南民主同盟支部参加民盟在重庆召开的全国代表大会。1945年10月，他当选为民盟中央执行委员兼民主教育委员会副主任委员。1946年1月，李公朴与陶行知在重庆合办社会大学，任副校长兼教务长。并主编《民主教育》。他提出知识教育、技术教育、组织教育、人格教育四者并重。认为人格教育是一切教育的核心。1946年2月10日，各民主党派在重庆较场口举行庆祝政协会议胜利闭幕大会，他是大会的总指挥,被特务打伤。5月，带着伤回到昆明，国民党当局大造恐吓舆论。他不顾个人安危，照样发动“呼吁和平宣言”的万人签名运动，动员人民反对内战。1946年7月11日9时45分，和夫人张曼筠在回家的路上被特务暗杀,于12时52分逝世。