从此时起，他历任回民教导队队长、总队长、八路军第三纵队回民支队司令员，冀鲁豫军区第三军分区司令员兼回民支队司令员。在他的率领下，冀中回民支队打遍了冀中平原，并转战于冀鲁豫边区，创造了辉煌的战绩。
1939年日寇扫荡华北，马本斋领导的回民支队在河间、青县、沧县地区转战，并帮助“回民抗战建国会”组织伊斯兰小队，开展敌后游击战争。在日寇对冀中根据地的扫荡中，与八路军主力纵队和贺龙、关向应率领的120师协同作战，消灭土匪武装第六路。由于马本斋指挥有功，战果显著，回民支队屡建战功，给日本侵略者以沉重打击，被八路军冀中军区誉为“无攻不克，无坚不摧，打不垮，拖不烂的铁军”。毛泽东称其为“百战百胜的回民支队”
为了招降马本斋，消灭回民支队。1941年秋天，敌人包围了东辛庄，抓走了马本斋的母亲。敌人威逼马母，让她写劝降信说服儿子“归顺皇军”，享受“荣华富贵”，但马母坚贞不屈，痛斥日军的罪行，揭穿了敌人的阴谋，并以绝食的方式进行抗争，老太太英勇牺牲。得知母亲牺牲的消息，马本斋强忍悲痛写道：“伟大母亲虽死犹生，儿承母志，继续斗争！” “祖国就是我的家，党就是我的母亲，为了他们，我决心献出我的一切！”
从1942
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