辰时，炸毙在皇殿行礼的全省官吏，宣布起义。不幸事泄失败，逃亡日本。1905年7月下旬经宫崎寅藏介绍，与孙中山在凤乐园会晤，共商建立全国性革命组织。8月20日中国同盟会正式成立，提议推举孙中山为总理，被孙中山指定为庶务，居协理地位；年底离日经香港潜入桂林，发展革命组织，策动郭人漳、蔡锷反正。1906年转赴新加坡，协助孙在南洋各地建立同盟会分会。返日后又派刘道一、蔡绍南等回湖南运动会党，策划起义。年底萍浏醴起义爆发，复派周震鳞、谭人凤回国策应。1907年2月与孙中山、章炳麟等共同审定《革命方略》， 3月因孙中山被迫离日，代理同盟会总理职务。4月离日赴香港。东京发生倒孙风潮，主张以黄代孙任总理。黄兴坚决维护孙中山的威信，拒绝出任同盟会总理，东京倒孙风潮很快得以平息。夏季抵河内，与孙中山共谋南方起义，亲自主持或参加钦州防城、镇南关、钦廉上思、河口起义。1909年陶成章等再次掀起倒孙风潮。他坚决维护孙的领导地位。1910初再赴香港策划广州新军起义。11月赴槟榔屿参加孙中山主持的秘密会议，商定集中全党力量，在广州再次起义
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