，割据陇右立地称王的隗嚣与在西蜀称帝的公孙述等大小数十个割据势力。经过12年的东征西讨，刘秀终于在东汉建武十二年即公元37年扫灭了最后一个割据势力—“成家帝”公孙述，自此，经历了自新莽末年长达近二十年的纷争混战，古老的中华大地再次归于一统。
刘秀在位期间，加强皇权统治，发展经济文化，和抚边裔部族，使东汉出现了“光武中兴”局面，在政治方面，刘秀鉴于西汉王朝权臣当政，外戚篡权的教训。竭力加强皇权。他采取“退功臣而进文吏”的方针，对功臣、宗室和外戚严加防备，不许功臣过问政事，并严禁王子、诸王交通宾客，结党营私。他不设丞相，以削弱三公权力，一切政令通过尚书台发布施行，把权力集中于皇帝一身。对地方政府，他把自汉武帝以来设置的监察郡县的刺史，固定为地方长官，刺史处理地方政务，可直接上奏皇帝，从而加强了皇帝对地方政权的控制。
在经济方面，刘秀着力恢复生产，发展经济，稳定社会秩序。从公元26至38年，前后6次颁布释放奴婢，3次颁布禁止虐待奴婢的诏令，缓和了阶级矛盾。在田赋方面，一度实行30税1，减轻农民赋税负担。他还针对人口减少而县级行政机构繁多的现状，实行精兵简政，合并了400余县，削减了许多官吏。为增加政府的收入，刘秀还下令“度田”，在全国范围内丈量土地，并严厉处置了一批掠夺农民土地的贪官污吏。遭战乱破坏的生产和人民生活的很快得到恢复和发展，人口与垦田数目大大增加，史称“光武中兴”。又历经汉明帝、汉章帝30多年的统治，东汉的国力空前强盛，四夷臣服。
刘秀在位33年，中元二年(公元57年)二月，病死在洛阳南宫。享年63岁。