。连战的幕僚徐立德曾透露，有一次国民党中常会，已准备一篇强烈的批扁讲稿给**宣读，但**当场大怒退回。而**的好友们，更纷纷支持**。
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影响
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国民党方面
今次选举失利后，国民党支持者在街上抗争，连续数天，要求**下台，结果**辞去国民党主席，连战为代主席。连战於同年年中的国民党临时全代会上真除党主席。翌年更当选国民党第一个党员直选的党主席。
在国民党改造其间，要求清算**与尊崇**的大有人在。**与国民党渐行渐远。国民党最终与**决裂，李系人马在国民党内失宠，导致了国民党的再次分裂。
国民党在政党轮替后仍是国会第一大党，虽然国民党人唐飞受邀组阁，但是国民党对唐飞的支持还是一般，加上核四问题，唐飞终於去职。连战被**邀请到总统府面谈，**当面答应研究是否停建核四的问题，谁知连战刚离去总统府，行政院长张俊雄就宣布停建核四，这无疑是打了连战一下耳光。
受到这样的侮辱，**同时释出善意，使国民党与**以及新党，合组在野大联盟，泛蓝军一说从此面世。由於泛蓝占国会席次超过一百四十席，甚至提出总统罢免案。*政府从此举步为艰。
翌年底立委选举，由於**分去不少泛蓝票数加上蓝军高额提名，国民党席次大幅滑落至六十八席。但席次比**的四十六席多。相反同时的县市长选举，国民党则夺回新竹县市、台中县市、基隆市等，与*一样是九席。
*方面
今次是*自创党以来,第一次夺下中央执政权.自1994年**当选台北市长,1997年县市长选举*一举攻下十多席县市以来,更进一步地步向执政.
**邀请国民党籍国防部长唐飞组阁,由游锡?出任行政院副院长、张俊雄出任总统府秘书长。未几,八掌溪事件爆发,游锡?立即辞职,与张俊雄互换职务.由於*对停健核四的压力愈来愈大,**不得不令唐飞去职,唐飞去职后,因为停健核四风波而被在野党企图罢免.由於泛蓝阵营占国会相对多数,张内阁这一年的施政举步为艰.
由於*在国亲分裂,**组成台联,与*合作的情况下,在2001年12月的立法委员选举中得到八十七席,成为国会第一大党.但同时亦失去了六席在1997年夺下的北部县市长席位.
在选举时,**声称组国安联盟,拉拢国民党内所谓本土派系,但由於国亲紧密合作,国安联盟变成空话,虽然陈氏曾掌握国会多数,但只是镜花水月.立法委员选举后,张内阁下台,由总统府秘书长游锡?继任,游内阁的任期共有三年左右.
2000年,*党主席选举,党主席林义雄宣布不连任,由高雄市长谢长廷一人参选,结果当选主席.在这两年以内,党内有不少议论说党与总统府变成双头马车,各自为政.应该加以整合以加强施政.2002年,谢的主席任期届满,是否参选主席成为问题,谢需要在主席与高雄市长(年底届满参选连任)两位置中挑选一个.扁代谢长廷宣布谢与高雄市民有约,将参选年底的选举竞选连任.结果,*党内推“党政同步”案,在执政时由总统兼任党主席,结果连谢长廷也支持,扁正式以总统身份兼任*第十届党主席.