管理近代海军，根本未意识到近代海军装备技术相当复杂。必须统一，系统管理高度远非旧式水师可比。何况，朝野许多人都认为建立海军衙门这样一个中国传统“六部”所没有、只有“夷狄”才有的新机构，意味着“以夷变夏”！
1874年6月的中日琅峤战役，是中国近代海军组建以来对外第一仗，虽然取得了重大胜利，但也暴露出了中国海军力量的单薄，使清廷开始重视海军建设，在1875年2月，清廷发布上谕，承认虽然与曾建立造船厂、建有海军，但“造船不坚、制器不备、选将不精、筹费不广”是导致日本胆敢悍然入侵的主要原因。表示“当此事定之时，惩前毖后，自以大治水师为主”，而海军衙门便是在这样的背景下成立的。
海军衙门的设立可以说适应了洋务运动发展的需要，当时中国已初步具备建立海军的条件。清王朝自19世纪60年代以来广泛设厂制械、造枪造炮、制造船舰，逐步改变着中国军队陈旧落后的武器装备。这不仅使陆军由千年一贯的大刀长矛向近代先进的新式枪炮迅速转化，创建海军的条件也日趋成熟。海军衙门成立前，福州船政局、江南制造局等中国企业自制的大小船舰已达20余艘，均配备新式枪炮、分拨南北洋，为使旧式水师向新式海军转化创造了条件。同时，民用工业的迅速发展，如煤、铁资源的发掘，交通运输、电报通讯的相继创办，也无一不适应着这种转化。为加速海军成军，清政府开始筹措巨款向外国定造船舰，并积极谋求和外国合作，吸收外国先进技术，自制军舰。当时许多西方报刊敏锐地察觉到这一动向，预言：“由此观之，不数年间，中国陆路之兵，将舍弧矢之戏，而专恃洋枪之威，水师之船，将舍风蓬之笨，而独取火轮之速矣”。
尽管背景颇为复杂，海军衙门的设立仍是中国近代史上的重大事件。它标志着清王朝自鸦片战争屡遭列强打击之后，终于将加强海防、创建海军做为头等大事。醇亲王奕擐虽然才识有限，但为光绪皇帝的未来和清王朝的巩固，还是将创建海军、加强海防做为尽忠报国的毕生事业。他受命之后，敢于抛弃陈腐观念，密切注视国际风云，虚心向洋务派请教，并以其特殊地位争取慈禧的同情与支持，为推进以海军建设为中心的近代化事业创造了有利环境。而在富有远见卓识的恭亲王奕忻的大力配合支持下，海军衙门遂成为指导洋务运动的中心。
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《郭嵩焘日记》：
“初九日，寅初入东华门，至九卿朝房小坐。苏拉杨姓，旋引至内务府朝房，迎谒军机，恭邸、宝、沈两中堂及李兰荪尚书，仍回至九卿朝房。须臾，传旨召见军机及嵩焘，六额驸景寿带见。入月华苑
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