盛允本意也只是逗一逗黄琬，但没想到黄琬因此捧手回答道：“蛮夷乱华夏，责任都在司空。”说完就拂袖而去，盛允因此大感惊奇。
黄琬后来逐渐升迁到五官中郎将，得到光禄勋陈蕃的敬待。旧制，光禄署举荐三署郎，要以高功，任久，才、德优异者为茂才四科，但当时权贵富豪子弟大多以人情而被举荐为郎，而贫困守节之人却被遗弃。京都洛阳特地为这个现象做了谚语说：“欲得不能，光禄茂才。”于是黄琬和陈蕃二人同心协力，共同选举贤才。
平原的刘醇、河东的朱山、蜀郡的殷参等人都以才德品行得举。但此举却侵害了权贵富豪子弟郎官的利益，于是他们联合中伤陈蕃、黄琬，二人的案件交由御史中丞王畅及侍御史刁韪处理。王畅及刁韪素来敬重陈蕃和黄琬，就不纠举此事，但左右的人因此诬陷黄琬、王畅等为朋党。王畅因父亲王龚的关系只被降职为议郎，而陈蕃被免职，黄琬及刁韪则遭禁锢。
黄琬遭禁锢将近二十年。一直到灵帝光和末年，太尉杨赐举荐黄琬有治乱之才，因此朝廷征召其为议郎，又受任青州刺史，迁任侍中。中平初年，出任右扶风，入朝为将作大匠、少府、太仆等官。后朝廷恢复州牧制度，以黄琬为豫州牧，当时盗贼猖獗，州境凋残，黄琬进击平定盗贼，威名大震。在任政绩为天下表率，因此被赐爵关内侯。
后来董卓秉政，因为黄琬是名臣，征召他入朝为司徒，不久迁太尉。进封阳泉乡侯。董卓商议迁都长安，黄琬与司徒杨彪共同劝谏董卓未成功。退朝后驳议说：“从前周公营建洛邑使姬氏安定，光武帝占卜东都以兴隆汉室，这是上天的启发，神明之所以安定的事情。大业即以安定。怎么能随便有所迁动，而亏失四海之望呢？”
当时人害怕董卓暴怒之下，黄琬会被害，力谏他不要这么做。黄琬回答道：“从前白公胜作乱于楚国，屈庐迎刃向前；崔杼弑君于齐国，晏婴不怕死而不与之盟。我虽然无德但确实仰慕古人之节。”黄琬后来还是因此获罪免官。董卓仍然看重其名德旧族。不敢加害。后与杨彪同拜光禄大夫，直到关羽与司徒王允同谋诛杀董卓。黄琬再次被汉献帝启用，再次出任司徒之职，黄琬的仕途可谓是起起落落，不过这次他再次站了起来，作为旧臣黄琬在朝中的影响力还是相当了得的
还有右中郎将、西乡侯朱儁、国舅董承、太傅司马僤、太常卿种拂、太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀这些人都是朝廷的忠义之士。而且种坲、鲁馗、周奂等人皆是九卿，能量了得，所以得到了这些的一致拥护的话要对付杨懿以及那个白马寺的主持摩登**师甚至他们背后的杨彪都容易的多了，朝中有大臣帮着说话，自己又掌握兵权，关羽相信他一
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