在这次总统选举中，竞争很激烈。选举结果，民主共和党杰斐逊和阿伦·伯尔各得73张总统选举人选票，同居首位，联邦党亚当斯获得65票，平克尼64票。当时总统、副总统没有分开选举，两个总统候选人得票相等，根据宪法，应提交众议院投票选举其中一人为总统。联邦党人支持伯尔，以便挫败他们的政敌杰斐逊。众议院在1801年2月17日以前，举行了35次无记名投票，一直处于僵局状态。汉密尔顿从国家前途的大局出发，说服佛蒙特、特拉华和马里兰等州的若干联邦党人议员，投了空白票，使杰斐逊当选为总统。
到1804年总统选举时，伯尔没有能列入总统候选人名单。当时新英格兰的联邦党人平克尼等人正策划脱离联邦，组织北方邦联，许愿帮助伯尔当选为纽约州州长，以后再推定他担任北方邦联总统。汉密尔顿尽其全力，在投票时挫败了伯尔，并揭发其卑鄙行径。伯尔大为恼怒，邀汉密尔顿决斗。
当时重归基督教信仰的汉密尔顿答应了决斗，并说服了教堂方面为其举行仪式。汉密尔顿说，他已经虔诚地忏悔，并愿意与所有的人和解，包括伯尔。1804年7月11日，两人在新泽西州东北部的帕利塞兹丘陵决斗。按照决斗的规则，汉密尔顿先开枪，奇怪的是，他发出的子弹离伯尔甚远。而伯尔毫不手软，一枪命中汉密尔顿的右胸。汉密尔顿身受重伤，在第二天(7月12日)溘然长逝，时年49岁。 他在临终之时要求纽约特尼提教堂(Trinity Church)为其举行圣餐礼时，却一度因进行“决斗“这一有违基督教义的行为被拒绝。
主要影响
政治
联邦主义思想
汉密尔顿是一个奴隶主，被视为美国独立战争前后大工商业资产阶级、种植园主阶级的思想和利益的代表。 他的政治法律思想的主要渊源是孟德斯鸠主义，这最明显地表现在汉密尔顿的政体理论方面，包括国家结构形式上的联邦主义，尤其是国家管理形式上的三权分立和制约平衡论。这不仅是因为
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