海峡，该线以西为亚洲生物相，以东为澳大利亚生物相。在《马来群岛》一书中，华莱士即描述这区域物种相当丰富。该线以东至新几内亚一带即称之为华勒斯生态区（Wallacea）。
环境问题
印度尼西亚大量人口及快速工业化造成严重的环境问题，由于政府贫困且依赖资源开发，因而环境问题不受重视。相关问题包括大规模森林开伐（大多数为非法）、森林大火引发遍及西印度尼西亚、马来西亚、新加坡的霾害、过度捕捞海洋资源等；快速都市化及经济发展造成空气污染、交通堵塞、水资源、垃圾及废水处理等问题。森林砍伐及泥炭地破坏使印度尼西亚成为世界温室气体排放第三大国。栖息地破坏威胁到原生及特有种生物生存，包括国际自然保护联盟认定的140种哺乳类动物，15种极危物种受到威胁，包括长冠八哥、苏门达腊猩猩、爪哇犀牛等。种植棕榈为森林开伐的主因，约有1800万公顷的土地由森林改种种棕榈，种植棕榈需重新分配土地并改变当地自然生态，但正确经营能为地方带来财富，不过错误的经营将破坏生态且造成社会冲突。
自然资源
印尼的石油、天然气和锡的储量在世界上占有重要地位。根据印尼能源矿产部的统计（2013年），印尼煤炭资源储量约为580亿吨，已探明储量193亿吨，其中54亿吨为商业可开采储量。由于还有很多地区尚未探明储量，印尼政府估计煤炭资源总储量将达900亿吨以上。印尼拥有巨大的天然气储量，约有123 589 兆亿立方米 (相当于206 亿桶石油），其中己探明的为24 230兆亿立方米，主产于苏门答腊的阿伦和东加里曼丹的巴达克等地。印尼镍储量约为560多万吨，居世界前列。金刚石储量约为150万克拉，居亚洲前列。此外，铀、镇、铜、铭、铝矶土、锺等储量也很丰富。