1987年，日本国有铁道（JNR）开始实行铁路私有化并拆分为数个独立的地方铁路公司。在此之前，全国的客运和货运铁路网均由日本国铁负责运营。日本国铁的继承者目前包括JR（日本铁路）集团的六个客运铁路公司，一个货运铁路公司以及若干个附属公司。1988年，日本青函海底隧道贯通，将北部岛屿北海道与本州连为一体，而濑户大桥则实现了本州与四国岛的对接，至此，铁路终于将日本四大岛屿连接在一起。
地铁是日本人日常出行的主要市内交通工具，东京地铁网络发达，拥有13条线路，285座车站，线路总长304.1千米，日均客流量为1040万人次，位居世界城市地铁客流量第一。日本现有十二座城市开通了地铁线路。日本的第一条地铁是1927年开始运营的东京银座线的一段。东京现有13条地铁线，很多地铁线还与市郊铁路线相连，将运营业务拓展到郊区。
新干线
日本新干线是一个高速铁路运营系统，由7条常规线路（东海道新干线、山阳新干线、东北新干线、上越新干线、北陆新干线、九州新干线、北海道新干线）和2条通常被称为“小型新干线”的线路（秋田新干线、山形新干线）组成。
常规线路的列车仅在新干线专用轨道上运行，而“小型新干线”的列车在新干线专用轨道和标准的慢速轨道上均可运行。这样，新干线从本州的最北端青森到九州的最南端鹿儿岛，以最高时速超过300km的速度连接主要城市，作为日本的大动脉，发挥着重要作用。自1973年起，日本就开始计划增设几条其他新干线线路，这些线路的某些路段仍在施工当中。
新干线列车N700S
东海道新干线沿552
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