到现在的三次清丈，据尚未完全统计，得全九百二十余万顷，比洪武年间还多了七十余万顷，比孝宗弘治年间多了三百余万顷。对这样一个数据，万历颇为疑惑：要知道历代承平日久，土地兼并都很严重，为了逃避税赋，大量隐瞒人口土地；为何这一次的数据能大增？对此，张居正专门做了解释，说是新增主要是河南山东和云贵两广，其余各省都和以前相差不多，浙江和江西还略有减少。张居正说道：“河南山东元末久被兵灾，旷野千里，田地荒芜，后世重新开垦，亩数大增；辽东和云贵台湾是新开之地，田亩自然增加；两广治安好转，官府能清点的田亩增多，也有所增加。至于为何比孝宗弘治年间多三百余万顷，乃是因为当时权贵大量隐瞒土地，而主事的官员又草草了事，未能清查清楚。”
这是一个合理的解释。万历也知道张居正对清丈田亩倾注了大量的心血，可以说是张居正所有改革中最重要的措施。五年之中，三次核实，反复丈量，不知得罪了多少权贵，才得出这一个比较准确的数字。也是因为有了这样一个数字，帝国的财政方得以维持。
帝国的财政改革也实行快五年了，基本形成了一套制度。在维持农业税的同时，提高了商税和扩大了征收范围，重新设立了市舶司征收关税。三大税基本用白银结算，伴以少量实物。所征收的税款，经过与地方分成后，全部由中央统一调配。如此一来，国家的岁入大大增加，但是由于同样巨大的支出，财政仍然是内阁中最困难的事情。若不是万历几次发内孥和抄没贪官污吏，好多事情还真没钱办。
对付贪官污吏，锦衣卫是把好手。收拾了太监后，裁撤了东厂，东厂人手都归并在锦衣卫。同时还取消了锦衣卫的独立司法权，保留了侦察辑访的权力，负责收集国内外的情报。锦衣卫失去了往日的威风，对反腐败是非
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