他提议用江南水师运粮，也是从实际情况出发的。但从中也可以看出，张居正还没有完全改变思维，仍然认为水师只是备一时之用，用完就可废掉的，基于此才提出了用水师运粮吧。
这个时代的大多数大臣都是这样的眼光和举措，缺乏长远的目标和计划。就事论事，坼西墙补东墙啊。甚至到了清末，曾国藩李鸿章等人还是这样的思维。对此，沈觉非也只好慢慢加以引导，说道：“水师捍卫帝国的海疆，其地位和朕的禁卫军，九边边军一样。不是用来做这些杂役的。不过海上确实较路上危险，没有航海经验不行，因此朕也只好委屈一下水师了，先当一两年苦差。然后，可将这些任务全部交给商人去做。”贱视军伍，以军丁为杂役在明代是司空见惯。沈觉非早就大力纠正过，还处理了一批使用军丁打杂的勋贵，才止住这一邪气。京师没有人再敢调用军丁干私活的了，军丁的社会地位也有了提高。如今，沈觉非要逼迫调用水师运粮，心中可不是个滋味。
张居正道：“商人？陛下，商人不可信啊。海上缥缈，若是商人以粮船投敌，当如何是好。”在根本上，朝廷文官对商人还是鄙视和不信任的。粮食关系重大，交给商人，张居正怎么能放心？
“从前漕运的害民之处，不用朕多说吧。”沈觉非道，漕运经常让人家破人亡，众臣都是清楚的。“而由商人来运送，虽然朝廷要支付一笔费用，但无害民之事。而且，大开海禁后，商人船队南来北往，也有航海运粮的能力。至于首辅大人所担心的问题，只要选好人选，加强管理就好了。”
天子一锤定音，张居正等内阁大臣再无反对。户部尚书张学颜说道：“海运之事已了。但要收购粮食，需要一大笔银两。而户部今年收支大体平衡，恐怕会有缺口?”
张居正一笑，道：“臣听说陛下今年的金花银有一百万两，刚进账还没有派上用场。”他和万历关系不错，打起了万历私房钱的主意。
沈觉非不是小气的人，身为皇帝，一切都有供奉，一百多万金花银也没地方花去，于是说道：“取之于民，用之于民。朕何爱这些许银钱。”