置于内务大臣之下，让太监没有作威作福的可能，割去帝国身上的一个毒瘤。
但是如何安排这些太监却又是一个问题了。
现在宫中宦官是一个庞大的群体，紫禁城中有多少太监，连沈觉非这个皇帝也不清楚，不可能马上都裁撤掉，一来怕引起祸乱，二来放他们出宫，其中大部分人生计堪忧，因此只得缓慢裁减。
沈觉非给新任内务大臣陈于陛交代了一点：不再接受新太监，也禁止民间私自阉割求进。然后逐渐合并太监机构，减少人数。至于后宫中服务人员，一来往后宫中也用不了那么多人，二来沈觉非计划用女官来取代宦官。让陈于陛挑选一些品行优良，识文断字的宫女担任女官，参与管理，等到宦官们基本淘汰完时，这些女官就可以接任了。
二十日，吕调阳病重，请求致仕，诏准。如此，内阁就是张居正，申时行，王国光，张学颜，马自强五人，看来是一个不错的班子，沈觉非自己也觉得满意。最重要的是这个班子是自己安排的，而不是听从张居正的意见。
二十二日，上两宫太后徽号，由两个字改成四个字。
二十三日赏赐功臣，从陈于陛，唐郎，戚继光，李谪凡等四十多人各有恩赐。内监安宁赐银三千两，赐穿飞鱼服。
二十六日，由礼部尚书马自强和内务大臣陈于陛策封王芸为恭妃，这也是万历帝沈觉非的第一位妃子。
二十七日，沈觉非光临外祖武清侯李伟家，宾主尽欢。沈觉非于酒筵上任命李遥的义子李光为羽林卫副统领，协助唐郎掌握负责宫廷安全。
同日，潞王进学，不久搬离皇宫，出居其在京师的藩邸。
二十八日，锦衣卫镇抚司正式撤销，监狱中的犯人大半释放，其余移交刑部，关押半年的燕老爹才得已还家。而东厂监狱中的重要人犯王大臣，经过刑部官员审讯，证明其行刺圣上乃是冯保诬陷，身上搜出刀剑也是冯保栽赃。最后以冲撞御驾的过失发配到东北，后不知所踪。