徒看来，对国家同志都是有害的。大明疆域广大，民族众多，维持统一的重要力量就是思想文化上的统一，朱熹王阳明的“理心”之辩差异虽大，但都还在儒学的门庭内。不比西洋教。若是西洋教喇嘛教在中原广为流传，自然而然的削弱了大明地统治力量。看来朝中那些官员还有几分见识，还能察觉到对自身的威胁。
“阁老以为当如何处理呢？”万历问道。
申时行早准备好了说辞，从容言道：“西洋人是蛮夷外邦，念其远来朝贡。驱除可矣。以显示皇恩浩荡。僧人莲池﹑紫柏以及喇嘛教的僧众，可以让礼部申斥，责令其不得再犯。至于李贽，身为儒生。又曾为朝廷官员，却非议圣贤，败坏风俗，若不加以处罚，恐怕无以警示后来之人。”
这翻话在意料之中，不这样反而不正常了，乃说道：“先生，若以言语文字诛灭士人。恐怕又违圣人之道啊。”万历读过李贽的文章，知道李贽的思想在后世人看来固然平常，在当时却有他惊世的一面，是极为难得的。万历自然不希望他死于牢狱之中。
“这，”申时行一时愕然，又联想到万历与僧人喇嘛过从甚密，立马明白了万历的心思，说道：“陛下考虑周全。不知当如何处理？”
万历一笑。这就是申时行与张居正地区别了，申时行是不会坚持自己意见与天子争辩的。说道：“朝廷为政当以宽大为怀。不以文字罪人。西洋人也罢，喇嘛教佛教也罢，只要他不公然鼓动造反，祸害百姓，违反《大明律》，朝廷就不禁止。彼此教义不同，有所争论，相互琢磨，也是可以理解的。”
申时行道：“臣也读过西洋人的劝善书，觉得其教义和中原也有相近之处。也许可以帮助教化。但是，若各教纷争，也非国家之利；而且有人非议朝政，若被人加以利用，则可能演变为黄巾之祸。”
考虑还真是深远，说得万历也是心惊，想到西方教会的所作所为，还真有这个可能。于是心中那句“有则改之，无则加勉”地话也
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