新编的大清陆军共三十六个师，其中旗兵变为十个师，除了驻守京畿的两个禁卫师，其余分别是正红、正黄、正白、正蓝、镶红、镶黄、镶蓝、镶白各一师；
再然后是，湘军七个师，淮军五个师，楚军四个师，以及装备了缴获的法国武器的滇军桂军四个师。
这三十个师，加上原来的六镇新军，就构成了新编的大清陆军。绿营、练军和大部分的团练转为地方保安部队或开到边疆去进行军屯。新编的大清陆军的只留下了52万人，方怀倒想像后世那样一个国家动辄几百万的军队，但这无疑是痴人说梦。历史上到一次世界大战爆发前，意大利的常备军都还只有25万，以中国的工业水平甚至连这52万新军三分之一的弹药消耗都制造不出来。在这样的条件下，这么多军队已经是中国能承受的现代军队的极限。
后世对这次军事改革的评价是“其效不彰，其例可援”。在这次改革中，有大量不尽如人意的地方，尤其是已经基本丧失战斗力的八旗兵大部分被保留了下来，而且像义务兵役制等问题也没有解决，但他毕竟开了中国近代军事变革的先河，其中的一些章程，如：士兵年龄必须在十八岁到二十八岁之间，身高必须在五尺（大约1.65米）以上，有抽烟、赌博、嫖娼等恶劣作风问题的官兵一律淘汰以及将士兵的资料严格的登记造册等等，对提高军队的战斗力还是起了积极的作用，在这次改革中，方怀他们甚至仿效西方制定了一部《大清步兵操典》。
方怀立下规矩，改编后的番号是活动的，军饷也是按等级发，番号一到十的师排在第一等，现在只有6支部队，乃是由“护国六镇”改编而来的六个主力师，他们代表第一流的王牌主
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