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北方的著名伊斯兰学者阿卜杜－瓦哈布－阿芬迪指出了苏丹的宗教困境:伊斯兰教和苏丹北方的民族主义之间的紧密结合无疑剥夺了伊斯兰教在苏丹南方的优势。
当北方受到这些问题的困扰时，苏丹人民解放军的非洲民族主义吸引力在北方也受到了类似问题的制约。
强烈认同阿拉伯传统的苏丹北方人没有受非洲民族主义诱惑的危险，但是同样地,伊斯兰意识形态肯定是非穆斯林所无法接受的。
此外，两种敌对文化观点的冲突还有跨越国界的含义,因为两个认同群体沿着各自的宗教和种族路线同非洲内外保持着密切联系，这样的联系潜在地扩大了冲突范围。
阿拉伯－伊斯兰世界在苏丹北方看到了必须支持并已支持的认同。
也正因为如此，苏丹南方成了基督教界、西方国家、甚至犹太复国主义的一个支持对象。
反过来,这又给阿拉伯－伊斯兰世界同北方的团结提供了一个坚实的基础。
另一方面,黑非洲从苏丹南方的困境中看到了必须反抗的屈辱的种族压迫。
苏丹的确存在阿拉伯－伊斯兰同非洲的潜在冲突，无疑，苏丹既是不同认同之间的链接点，也是这些不同认同之间的对抗点。
与伊斯兰教一统天下的北方不同，苏丹南方居民以信奉基督教和原始部落宗教居多。
由于南北之间的民族和宗教矛盾，1955年开始，南方独立运动武装与北方政府军打了多年内战。
苏丹政府与南方的反政府武装展开了一场马拉松式的内战，已有130多万人在这场内战中丧生。
苏丹不仅因此沦为世界上最贫穷的国家之一，而且战火的蔓延和苏丹难民的大量外流还频繁导致苏丹与邻国的外交纷争。
苏丹南方有7派反政府武装，其中以约翰－加朗领导的叛军的势力最大。
由于加朗得到周边国家的公开或暗中支持，现在叛军已有5万之众，并逐渐在战场上占据上风。
今年年初以来，叛军在占领南方大部地区之后，又和北方的反政府组织的军事力量结成同盟使战火迅速向北方扩展。
到10月底停战谈判之前，叛军已挺进到距南方最大的城市朱巴38公里的卡里巴巴地区。
为了让饱受饥荒和战祸蹂躏的人民离开战区，加朗曾建议驻守在朱巴的政府军允许居民转移到乡间。
但政府军继续利用人肉盾牌守城，不仅不放人，而且还在老百姓可能外逃的路上埋设地雷。
迫于内战战场越来越不利于政府军以及外交处境孤立，苏丹政府突然宣布放弃一贯坚持的－－先停战、后谈判的立场，同意与叛军举行停战谈判。
双方从10月30日开始在内罗毕郊区举行秘密会谈。
第5天，南方代表提出了加朗设计的一个国家，两国政府的邦联方案，把苏丹国土均分为南北两部分，北为北苏丹国，南为南苏丹国，政府军撤出南方，成立一个民族团结政府，南方实行自治的过渡期为2年，最后由南方各部族就南北分合问题举行民意公决。
但苏丹政府方面拒绝邦联方案，双方的首次停战谈判就此搁浅。