经济、文化宗教等事务上拥有相对自主的管理权，但到苏哈托政府时期这些规定却形同虚设。
苏哈托总统上台后，强调稳定与发展，在政治上，稳定表现为通过建立完全的军人统治，依靠武装部队控制国家，实行总统――执政的专业集团――军人三位一体式的统治体制。
在地方行政机构中，任命大批军官担任从省长、县长直到乡长的各级行政首长，剥夺地方的自主权。
在经济上，发展表现为，将大批的在职和退休的军官安插在重要的经济部门，控制地区的经济生产。
同时地方收入绝大部分上缴中央，中央在分配过程中对少数地区实行严重的政策倾斜。
后来，北亚齐地区发现大量的天然气，并于转年开始生产，然而这并没有给亚齐当地的经济与社会发展带来任何益处。
天然气的收益直接归为中央，而亚齐当地人民本来期望随着工业的发展会出现更多的就业机会，但这些职位大多被从爪哇的移民所占有。
繁荣的工业区与亚齐其他落后的农业地带、爪哇人的高收入与亚齐本地人民的贫困生活形成了鲜明的对比，地区对中央、民族间的不满情绪日益增加，社会各阶层提出不同的建议以促使当地的经济与社会发展。
而自由亚齐运动为代表的独立主张就是这种不满情绪的极端表现。
印尼中央政权对亚齐自由运动采取坚决的军事镇压，对于亚齐地区的分离主义运动，以军人为基础的苏哈托政权采取两手政策。
一方面在亚齐修建公路，从政治上抚慰多数亚齐人，但并没有从采取真正有效的措施发展亚齐当地的经济。
另一方面对自由亚齐运动采取坚决的军事镇压。
在政治和经济方面的政策失误是亚齐分离运动产生的根源，而军事方面的高压政策并没有消除亚齐地区的分离倾向，反而使该问题积重难返。
尤其是印尼军人在亚齐建立军事占领区，准备对亚齐进行长时间的军事统治。
据报道，这期间，军队滥用职权，从恐吓到绑架、从强奸到屠杀，严重践踏了人权，大约有2000多平民因为被怀疑与自由亚齐运动有联系而被杀，许多人被逮捕、审讯。
军事行动没有把自由亚齐运动彻底消灭，反而殃及无辜平民，使整个亚齐处于深重的民族灾难和仇恨中，中央与地方矛盾、尤其是民族矛盾被大大激化。
这对亚齐当地的分离倾向产生的推动力远远大于自由亚齐运动的号召力和影响力，可以说这是分离运动全民化的重要转折点。
在这种情况下，亚齐当地的媒体上陆续出现了揭露军人暴行的报道，而且一石激起千层浪，亚齐当地社会要求撤军、对军人暴行进行审判和对受害者的补偿的呼声日益高涨。
由于正值印尼处于南华联邦共和国的进攻时期，印尼中央政府无法迅速地做出回应，致使亚齐局势日益动荡。