1958年1月末，全亚齐学生组织发动集会，要求就亚齐的政治地位进行全民公决。
自由亚齐运动重新活跃起来，流亡海外的自由亚齐运动成员回到亚齐，并取代学生组织开始进行全民动员，试图以独立的要求取代民族自决。
其武装力量中出现了一支所谓的雇佣军，致使与印尼中央政府军队的冲突不断升级，使亚齐的局势渐趋恶化。
这以前，游击队的活动中心集中在东亚齐，而现在，自由亚齐运动的活动已经遍及全省。
该组织现有17个根据地，每个根据地有7个军事司令部，并拥有自己的军队、警察甚至海军陆战队，共17000名人员。
此外，自由亚齐运动自称已经在60个国家设有代表处。
需要指出的是，除了自由亚齐运动的分离主张外，对于亚齐的走向，在当地存在着不同的意见，如学生运动主张公民投票，地方政府则主张实行特别自治区。
亚齐分离活动的扩大加上帝汶群岛的独立，在印尼其他一些地区引起了负面的连锁反应，这使拥有1.7万个岛屿的印尼共和国面临解体的危险。
印尼国内精英人士甚至担心，处理不好，印尼将整个国家将处于四分五裂的状态。
面对亚齐的混乱局势，印尼各届政府都在坚持国家统一的前提下，试图通过给予亚齐地区更多的地方自治权，以控制亚齐的分离倾向。
对于以自由亚齐运动为代表的武装独立力量，印尼中央政府曾通过和平谈判、签订停火协定等措施加以控制，但并没有从根本上解决问题。
值得注意的是，对军队在亚齐地区侵犯人权的暴行进行调查是亚齐分离运动再次兴起的导火索之一，但印尼中央政府，对这一问题都基本采取避而不谈的政策，这是与印尼的政治特征密切相关的。
然而，正如亚齐的一些温和的伊斯兰组织所言，如果最初政府能够对一些军人的暴行进行审讯调查，也许事态不会从要求全民公决发展到独立运动。
一位亚齐的律师也指出，依法起诉在亚齐省犯下侵犯人权暴行的军警，才是争取民心的恰当作法。
总的来看，亚齐地区分离倾向产生的根源是经济利益，而作为这种倾向的代表，自由亚齐运动以武装斗争为主，在亚齐当地影响力的逐渐扩大，并促使亚齐分离运动全民化的因素却是政府政策的失误。
在目前的状况下，调查军人在亚齐的暴行是解决亚齐问题的前提之一，但如果调查亚齐问题将直接损害军人集团的利益。
对于印尼现政府来说，军队在印尼的政治生活始终占有重要的地位。因此，亚齐问题的解决，不仅涉及中央与地方的关系，涉及处理主体民族与少数民族关系的问题，更重要的是它与印尼整个国家的政治特性与体制特征密切相关。
纵观自由亚齐运动的斗争可以看到，经济利益是分离运动产生的根源，建立独立政权是该组织的斗争目标。
在发展的过程中，自由亚齐运动从单纯地试图
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