都将由其任命，在人治社会，人事权就是一切，何况还有军权和行政权在手？也正因为这样，历史上担任过这一职位的那些权相基本最后都没什么好下场。这自然令那些渴望拥立大功的部属深表遗憾，不过因为已经经历过当初那次更大幅度的退让，所以这一次因此心生二意的倒并不太多。事实上，赵旉之所以不当皇帝，除了信守承诺、重视亲情和注重实际、不好虚名的习惯之外，本来就有一些试探的用意，因为他很快便要给予自己的追随者以莫大的恩典，可不想那些纯粹为了利益才投靠他的家伙也跟着占便宜
赵旉这次作出的试探还有不少，其中最重要的莫过于分批次地收回众将的兵权重新编组，尤其是原来朝廷掌控下的那些官军。赵旉这样做不光是为了荡涤旧思想对那些军队的影响，也是为了彻底断掉“兵为将有”的传统，同时如果有哪些将领存在军阀倾向的话，也好让其早点暴露出来，及早铲除隐患。但大约是卫军的实力优势太过明显，除了几个脑子太蠢的统制（中级军官，统兵几千到一万多。）试图抗拒而受到严惩外，无论是高级军官还是基层军官都很听话。不过二者顺从的原因却有所不同，高级军官都是人精，自然不敢逆天而行；而基层军官则是因为手下根本没多少人，自然也就没那么舍不得了
由于卫军的水上力量远比官军强大，因此水军的整顿效率很高，前后只花了不到一年时间。根据绍兴二十年底的统计结果，整顿完毕后大宋共有水兵三十一万多人，战斗舰艇一千多艘，运输用船只的数目更是接近两千，总排水量则超过了十万吨。由于大宋境内水网密布，而且漕运和与国土防御的任务也很重要，同时又与外洋海军的职责有很大出入，反倒是与陆军的交集较多，因此赵旉将内河水师划归陆军部管辖，而另外设立海军部与陆军部并列，凸显赵旉“海洋立国”的理念。不过，长江中下游的黄金航道江阔水深，海船可以通行无阻，所以长江舰队在编制上也隶属于海军，各条大江大河的入海口附近也照此处理。
另外，海军陆战队扩编为一个师，而且特种骑兵团也并入其中，使其拥有了包括火枪骑兵在内的几乎全部陆军兵种，总兵力第一次突破了三万人，几乎相当于陆军两个满编
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