任到异常重要的户部任尚书，这可比工部尚书重要和权力大多了。又过了一年多，由于大明内部和边关战争增多，再加上天灾不断，兵部急需要一个懂得财政的尚书，这一重任便落到了石星的头上。
按说，这第三次入朝为官的石星应该算是仕途大顺、权势赫赫了，可事实上并非如此。在万历十五年他刚当上工部尚书不到一个月，黄河便在开封决口了！这可是属于工部管辖的范围，出事了第一责任人就是工部尚书。所以，在工部尚书的位置上屁股还没坐稳的石星，由于在野那么多年，了解农民疾苦，便亲赴开封指挥抗险和后续的修建工程，忙前忙后，胡子都白了不少，总算是把损失控制在最低，也得到了朝野的一致认可。
在当时这可属于大工程，他忙活了近两年的时间，到了万历十七年四月，才算是把整个河南境内的黄河河堤修筑梳理一遍。可还没等他喘口气，在万历十七年六月，黄河再次决口于夏镇！对于抢险救灾也算轻车熟路的石星责无旁贷，又再次投入到了处理后续事情中去。
到了万历十八年，大概是由于石星的两次抢险救灾处理的妥当，得到了内阁和朱翊钧的认可，被调到了户部出任尚书。就在他刚得到要去户部出任尚书的圣旨没多久，麻烦再次来了：这一年先是二月份直隶顺德府发生大地震；三月份直隶大名府狂风暴雨，民房倒塌无数，山东兖州府、济南府、青州府，河南开封府、彰德府、卫辉府、归德府等地也接连传来黑风卷沙，民房损毁无数，损失惨重的消息；四月份京师大旱、湖广饥荒；五月份山西地震；六月份青海部落浩尔齐入侵，户部要筹备钱粮等物用于战争……
总之，在石星出任户部尚书的一年多时间里，他根本就没有安生过哪怕是一个月，天灾人祸是一件接一件，让他真是『操』碎了心。在万历十九年，他终于离开了麻烦不断的户部，去任了兵部尚书，本以为只专心处理边关那些草原人的小打小闹即可，但实际情况却是让他措手不及。
石星是万历十九年八月调任兵部尚书的，就在本月底，河套部大举南下犯边，等处理好这件事，已经进入了万历二十年。就在这一年二月十八日，宁夏哱拜纠合其子承恩、义子哱云及土文秀等，嗾使军锋刘东旸叛『乱』，杀党馨及副使石继芳，纵火焚公署，收
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