军事方面，这场大战暴露出很多问题，首先是军事指挥不畅，十二个军是没有完全组建，但北侍军几乎无法指挥，没有中间指挥机构的协调，京西和京东几乎各自为战，岳飞甚至直接率军入京东，打的全无章法。
要不是各军都指挥使，具有积极进取的精神，恐怕兀术的后防稳定，这场战争恐怕会在大江结束。
他已经意识到缺少一个指挥环节，就像现代化战争中，任何一个军团司令部，都无法指挥五个之上的军，那会带来指挥体系上的不协调，两到三个下级指挥机构最合适，他对屯驻大军体制很感兴趣。
但是，万人的固定编制，已经让朝廷不太放心了，还要分都指挥使、使副、都参军和都虞候来分权，要是设置统率几万人的大军都司，或许他能强行成立，但用不了多久就会名存实亡，朝廷绝不可能放任集中几万人。
行营制，这个在真宗时代衰落，英宗时代完全消亡的制度，再次出现在朝堂上。
不过，也就是借尸还魂，在王秀的奏章中要求回复行营，不作为常设机构，发生战争或是发动战争，由三大侍军司一名大将充任，每个行营都负责一个大的战略方向，平时只设置架子，还有一些直属行营的部队，指定行营都校的人选，一旦有事可以直接调动兵马。
北侍军设四个行营、一个制置使司，西侍军设置五个行营，殿前司和南侍军暂不设置。王秀的意图是三大侍军司为战略性军区，各大行营为方面军。
也就是禁军又多出三十个高等都校职事，自然得到那些将帅的拥护，军都指挥使到三衙或三侍军都指挥使，是非常不容易的。有些人一生也跨越不过去，既然跨不过去，做个行营都指挥使也不错啊！
还有一个并不明显的编制变化，禁军低级简直取消旗编制，简化为队、什、伍三级。
王秀没有停留在军事指挥体系上，在兵种结构上也做了调整，军中的偏厢战车出现了，四轮的马车也出现了，步兵可以用四轮的偏厢车保护，实行机动作战，战场医疗救护
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