三十九年，以功升浙江布政司右参政，巡海治兵如故。次年底，领浙江兵赴江西，捕杀由广东流至江西的农民起义首领林朝曦。四十二年，升右佥都御史，提督福建军务兼巡抚，督福建总兵俞大猷、浙江副总兵戚继光和广东总兵刘显合兵捣毁平海卫(今福建莆田东南)倭巢，斩倭寇2200余人，收抚被掠民众3000余人，升右副都御史。整顿海防,恢复水寨,督造战船，扼守海口，并在沿海各县建立战守合一的地方武装。同年冬，遣戚继光率军战于仙游，击败倭寇万余，取得抗倭以来最大胜利。 四十四年，任陕西巡抚，次年赴任途中改为四川巡抚，平大足蔡伯贯起事。旋平云南凤继祖起事，升兵部右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务。隆庆元年(1567)，北边告急,奉诏还兵部。次年,升兵部左侍郎，总督蓟、辽、保定军务。上奏分立建昌、三屯、石匣三营，督练部伍，修造战具，筑御敌台，边备森严，使蒙古右翼土默特部首领俺答汗不敢轻犯。四年，升协理京营戎政。五年，升兵部尚
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