发射完两轮火箭弹的火箭炮艇，立即爬升到两千米高度，进行装弹作业，准备第二波攻击。
对总统府的第二轮打击，是由四艘一型轰炸艇担任的，它们采用250公斤级的高爆弹，对鹰眼指示的总统府卫队的营房，以及周边除大教堂之外的高大建筑，进行了一轮轰炸，以清除、拓宽防御时的视界与射界。
四艘空中炮艇在轰炸艇飞离后，立即飞临总统府附近五百米的空中，使用机炮、重机枪，对大楼表面残留的秘鲁军人，实施清除式打击。
在炮艇清除了总统府大楼屋顶的抵抗后，运输空降团突击连队的飞艇，马上飞临总统府大楼屋顶，突击连队立即实施索降、占领大楼屋顶、控制上下楼梯和总统府大院。这个过程，前后只有十几分钟，根本没有给总统府的警卫有什么反应的时间。
在空中炮艇的掩护下，其它两个连队也在总统府大楼的左右裙楼楼顶，以及大教堂屋顶开始索降，完全控制了总统府屋顶和前后大院，以及大教堂。
所有的轰炸艇上，都专门新安装了四部新研制出来的高效低压水银灯，这种光源的大功率聚光和漫射探照灯，负责对总统府战场的照明，那雪亮、发出淡蓝色的光柱和漫射光，将总统府笼罩在一片蓝幽幽的光芒之中。
接下来的清剿作战和抓捕行动，就相对简单了。
首先，跟随突击连队索降到屋顶的战术工兵，采用定向爆破技术，在楼顶上开了几个洞，丢下几个震荡弹、闪光弹、催泪弹后，全副武装、全面防护的突击小组，从爆破口进入大楼，开始了逐层清理。
其中一个洞口，开在总统套间的屋顶，一阵投弹后，一个小组迅速进入，抓捕了秘鲁第十八任总统雷米希奥.莫拉莱斯和其主要行政和军事助手，当然，桑切斯少将也在这些不幸的人当中。突击队立即把他们转移到屋顶，把他们分别装在“转运网兜”里，使用空降团运输飞艇上的电动绞盘拉上飞艇，迅速运送到圣洛伦索岛上的临时基地，之后马上由运输飞艇送往阿里卡总部，关押在专门为总统阁下建造的玻璃屋之中，其它的人，也被送往塔克纳的战俘营关押起来。
总统府的战斗，在抓捕了总统之后，就没有什么顾忌了。
突击部队采用城市作战手段，根本不与总统府守军在房间、走廊、楼梯、过道上争夺，而是直接采用定向爆破技术在墙上、地板上开洞，带上防毒面具，使用榴弹器发射震荡弹、闪光弹、催泪弹逐屋清剿，两个多小时，就把偌大的总统府清剿干净，所有试图抵抗的军人都被击毙。
大院内，还没有被火箭弹击毙的秘鲁政fu官员和中低级军官、议会议员、达官贵人与卫兵们，也被随后索降在大院围栏前的步兵们控制起来，并被捆绑起来。当然，突击部队是不可能携带大量的绳索的，因此，他们是全世界第一批享受塑料“捆扎带”的人犯，全部被反剪双臂，在手腕上捆扎的。
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