决了山县的冒进主张，命令山县有朋第一军冬季全军待命以待春季再发动攻势。但是山县悍然独断专行，违抗大本营指示私自下令桂太郎师团进攻海城，遭到海城清军奋勇抵抗而陷入泥潭，而日本国内无足够的兵力再去支援海城。所以大本营决定罢免山县第一军司令官的职务，但是川上操六等人担心如果公开罢职山县势必会为了保存武人颜面而剖腹自裁，于是建议伊藤首相面见明治天皇以“回国养病”名义召回山县。于是明治天皇亲自写了召回诏书，山县虽然声称病已痊愈但是天子命令已下无可奈何，只得乘坐轮船回国。
不过虽然他在这一次的斗争中失败了，但是在之后不长的时间里面又再次起来了，在他的影响下，日本军国主义思想开始迅速发展起来，山县强烈反对军事干预政治及政治干预军事。他做到了后者，却自己践踏了前者。为了防止政治干预军事，山县于1887年建立了参谋本部。这个机构与以前太政官管辖下的参谋局所不同之处在于，只有作为辅佐天皇处理军务的最高机关首脑―陆军卿才可以担任本部长，而且独立于政府（太政官）之外。山县有朋亲自担任了首任参谋本部长。旧日本帝国宪法第11条规定：“天皇统帅陆海军”，政府、甚至议会都无权干预，从而确立了军令权的独立地位。
陆军中分成以山县有朋、大山严、桂太郎、川上操六等人的主流派和曾我佑准、三浦梧楼、堀江芳介、鸟尾小弥太等人的反主流派。主流派推崇普鲁士式二元主义军事理论，在军事教育、军队制度方面排除原来的法国模式，引入普鲁士模式。反主流派与之对抗，坚持法国模式。此前，陆军中将鸟尾、三浦、谷干城和少将曾我四位将军在1881年提出建议书，对政府提出批评，要求重新审议北海道出售官有产业事件。他们的作法触犯了军人不得干预政治的训诫。同年底，政府废除了陆海军刑律，代之以陆军刑法和海军刑法，根据新法中对“军人干预政治、上书议政、讲演或以文书形式作宣传者”的处罚规定，他们被处以禁闭。此外，长冈外史等人以研究军事为名于1881年组织成立“月曜会”，反对陆军进行普鲁士式改革，成为与陆军当局对立的集团。结果该会核心人物鸟尾、三浦、曾我、崛江等人在1888年被编入预备役。1889年“月曜会”被解散。
陆军中的反主流派被严厉禁止过问政治，但提出这一主张的主要人物山县有朋又是如何做的呢？山县在1882年担任参事院议长，占据行政要职。1883年担任内务卿，1885年担任内相，1889年担任首相，1892年担任法相，1893年担任枢密院议长，1898年再次担任首相，1905年担任枢密院议长，历任政界及行政上的要职，晚年作为元老仍对政治掌握强大权力。在此期间，他还作为现役军人占据军部要职。这难道不是自相矛盾吗？西乡、大久保、木户、伊藤等活跃在明治维新期间、创立了明治国家的元勋们大多是行伍出身，但明治初期尚未对文官与武官的职权作严格区分，因此伊藤也对军事进行了相当的干预。他们造就了一个封闭的精英社会，用极端的话讲，他们享有特权，可以为所欲为。山县以军人身份占据文官要职的作法被桂太郎继承，从此军人政治家层出不穷。
后来日本军国主义的兴盛和他不无关系，所以斋藤实说完这一席话之后，山县有朋就对斋藤实产生了意见，在他看来陆军是军队之本，只要陆军强大了那么他们照样子能够控制中国，而且还可以用既定事实逼迫其他的国家放弃中国支那。所以他并不同意斋藤实的话，所以这谈话并没有用多久就结束了。
其实山县有朋是所以这样做是有原因的，因为山县有朋是“大陆政策”的制定者，这是日本前辈丰田秀吉提出来的，山县有朋进一步发展并完善了丰臣秀吉等人提出的‘大陆政策‘。山县有朋青年时代参加过长州藩的军事改革和讨幕布维新战争，明治政府成立后，他曾考察过英、法、德等国的军事制度和武器装备，回国后，就任兵部少辅，次年升任兵部大辅，后任内阁总理大臣。自此，他一直处于日本军事权力的核心圈内。山县有朋把‘强兵‘看作是‘富国之本‘。因此，他极力一味采取扩军措施，不断增加军费，迅速推进日本军队的近代化，还提出了进攻亚洲大陆的‘大陆政策‘的‘理论根据‘：即把日本国疆域称为‘主权线‘，把朝鲜、中国等邻国的疆土视为日本的‘利益线‘。1882年8月15日，山县有朋在《军备意见书》中提出了以中国为‘假想敌国‘的设想，他认为：‘欧洲各国与我国相互隔离，痛痒之感并不急迫。作为日本的假想敌国，并与日本
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