广东崛起后，台湾海峡又转趋不平静。新上任的福建巡抚邹维琏宣布恢复海禁，并力阻郑芝龙与在台湾的荷兰人私下通商。郑芝龙势欲扫除刘香。而在此之前，原为郑芝龙旧部的李魁启和钟斌也先后叛离，但都遭到郑芝龙扫除，刘香成了他原先一起结伙的海寇中最后的对头，也是最难应付的一股势力。
昭武元年12月，郑芝龙与刘香的船队在福州附近遭遇，发生血战，从早上打到傍晚，双方各死伤数千人。郑芝龙弟弟郑芝虎在身上两处负伤的情况下，冲入敌被刘香的人用四爪锚和铁链缠住，几乎不能脱身，后来是部下拼死救出。刘香本人则向南逃逸而去。
崇祯一年7月，新任荷兰台湾长官普特曼斯为迫使明朝开放贸易，企图用武力强占大陆沿海，在刘香的帮助下，不宣而战，派出8艘战舰，对刚刚追剿刘香回到厦门没有戒备的郑芝龙部和明朝官兵发动突袭。击沉、烧毁和弄沉港内郑芝龙和明朝官兵的二十几艘战船。这些船只是郑芝龙的精锐部队，也是当时中国最先进的海上武装船队，船上配备完善，架有十六、二十到三十六门大炮。
明朝的厦门官员在驻军遭到荷兰人痛击后，采取息事宁人态度，找人与荷兰人疏通，表示愿意通知厦门、金门、烈屿、鼓浪屿及附近各岛的百姓送上二十五头牛、二十五只猪和一百只鸡，希望荷兰人不要再伤害百姓，使他们可以继续安心耕种。
但尽管如此，其实荷兰人以及他们的手下爪牙海盗刘香都不乐意，都在对大明沿海谋划着更大的进犯。
这是这两年的福建、两广沿海的大体情况，此时两广及福建颇为不太平，荷兰蛮夷为祸破甚，之前内患未平，此时，也该去解决一下这批日后八国联军的祖宗了，想来多杀几个荷兰蛮子，也算是他们替自己的子孙赎罪吧！
昭武三年二月，南直隶水师奉中军大
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