实际权利掌握在各土司、寨主手中。
土司手头权利多了，野心自然会膨胀。事逢大明衰弱，有兵有钱有地盘的土司们开始不断叛乱，连名义上的管辖都不愿意了。
万历年间的播州杨应龙叛乱，持续十几年，彻底拉开了西南动荡的序幕。
其后几十年，朝廷改土归流，土司不断反叛，西南战火不断，极大的削弱明朝的国力。
从天启年开始，持续到崇祯初年、真正动摇大明根本的“奢安之乱”正式爆发。加上山陕、河南等地的流寇作乱、关外建奴入寇，大明三线作战，国力被掏空，朝政一日比一日糜烂。
天启元年，四川永宁宣抚使奢崇明反叛明朝，占领重庆、遵义，围攻CD，明朝震动。
随后贵州安邦彦起兵响应，各地土司纷纷高举叛旗，土人造反声势一时无两。
朝廷花费重金，派出重兵，用了十几年时间，才逐渐平息奢安之乱。
奢安之乱延续十几年，波及四川、云南、贵州、广西四省上百个府县，伤亡上百人万人口。
战乱中，四川巡抚徐可求战死，贵州巡抚王三善被杀，西南大将鲁钦兵败自刎，贵州总兵阵亡于贵阳城下。战死的兵士更是以十万计。
奢安之乱不仅沉重打击了明朝在西南的统治，耗尽了大明最后一点精血，更为严重的是让另外的土人势力壮大，继而生出不臣之心，引发了更大的土人叛乱。
在平叛过程中，汉人的卫所兵不堪一击，朝廷不得不重用土司兵马。
四川石柱的秦良玉、云南阿迷州的普名声、安南土司沙定洲等土司在平息叛乱的过程中不断壮大，同时目睹熟知了明朝的虚弱。
到崇祯年间，实力大涨的普明声野心膨胀，于崇祯四年反动叛乱，掀开了明朝西南另一场更为旷日持久的动荡。
普明声于崇祯五年病死。其妻万氏改嫁沙定洲。沙普合流，造反声势更大，整个西南边陲几乎完全脱离明朝的控制，只有楚雄以西还在坚守。
西南求援告急的文书雪片般飞往京城，山东同时发生辽东旧将叛乱，中原大地流寇始终未曾绝迹，关外建奴不
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