陕西省境内，孙承宗、孙传庭、卢象升、曹文诏及陕西境内所有大小官员忙得焦头烂额人仰马翻，所有民军虽然被击溃了，但流民太多，需要安置，这安置工作比打仗还要麻烦N倍，一不小心又酿出民变来。
历史上的崇祯派大军清剿民军也是以清剿为主，安抚为辅，但却失败了，原因多到手指头都数不过来，清剿的官军连吃败仗，境内所有州府县城被战火搅成一锅粥，局势糜烂，没有足够的粮食安抚大量的流民，且安置的方法不对，民军越剿越多，地方官的贪污腐败和各种不作为，朝堂的举措不得力等等，最终失败。
朱健的办法也是以清剿为主，安抚为辅，不过，身为穿越众，他有前任没有各种优势，孙承宗和孙自庭的西安军、卢象升的天雄军、曹文诏所部都算是兵强马壮，武器装备相当精良，四人治军颇严，战力、军纪比原历史的各支明军部队要强，每战皆胜，没有杀良冒功，也没有发生严重的扰民事件，陕西没有被打烂，主要大城市和一些小县城基本控制在明军手中，民军也没能流窜进山西、四川等境内，造成更大更严重的危害，总的来说，局势还不算糜烂。
朱健也清楚明未军阀拥兵自重，疯狂的扩张军队，诸如大军阀左良玉手里的军队就高达二十余万之众，军饷后勤难以支撑，进而掠劫百姓，比强盗还要凶残，逼得百姓不得不投向民军，甚至有许多官兵都投奔过去，此消彼长，变成民军越剿越多，而官军越剿越弱，大明不亡才怪。
再者，各地军阀虽打出十万二十万兵力的旗号，实际上真正可用的战兵也就万余人，基本都是吃空饷喝兵血发财，战力渣得连民军都打不过，更别说与战力凶悍的金军铁骑交战了，基本是一触即溃，清楚里边门道的朱健下旨，严格控制各军的编制数量，象曹文诏、孙自庭所部，战兵编制都限定在五千人以内，孙承宗的主力西安军和卢象升的天雄军，兵员编制也分别限定在一万和八千最多，超员唯主官是问。
军官吃空饷的事是没法杜绝的，但空额数量只要不多，他也默认了，各军都设有监军太监，朱健仍不放心，增设锦衣卫和东厂人员监督，若发现兵员空额严重，第一个追究的是监军太监
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