长官部稍事休息，即偕秘书长戴允荪，飞赴重庆述职。下机后，驱车至嘉陵新村郭寄峤家下榻，等候蒋介石接见。卫、郭见面时，郭屏退左右，向卫立煌和戴允荪说：“这次见老头子，依我看来，不但受不到嘉奖，还免不了受到申饬。前几天，我和老头子共进早餐。谈到滇缅战役，老头子愤怒异常，稀饭从口中喷出说：‘卫俊如不听指挥，不顾大局，擅自渡过怒江作战。如果龙云异动，贵阳失守，重庆不保，局面将不可收拾。’长官这次见蒋，实要多加小心；据我所知，何应钦、陈诚，也都和蒋有同样看法。”卫立煌愤慨地说：“事实证明，我的主张是对的，打通滇缅路，我是有功的。”次日，卫立煌见蒋时，果然受到蒋的训斥。虽多方解说，终未能改变蒋的看法而且越说越陷于僵局。蒋介石遂下令撤销远征军司令长官部，改为滇西警备司令部，任命黄琪翔为警备司令。卫立煌为陆军副总司令，作为何应钦总司令的助手。
卫立煌回到保山后，一方面拒不撤销长官部；一方面命秘书长戴允荪飞重庆、昆明向何应钦、吴忠信等游说，希望能担任一个战区司令长官，好去前线拼杀。如此僵持了两个多月的时间，但蒋介石使用明升暗降夺去卫立煌军权的做法，丝毫也不改变。
一九四五年五月，卫立煌在昆明就任陆军副总司令。六月卫将军与韩权华女士在昆明金碧路锡安圣教堂，举行结婚典礼。何应钦为主婚人，龙云为证婚人。
卫立煌在打通滇缅公路的战役中，扬名中外，还结识了一些美军顾问团的高级将领。有些美军将领，认为卫立煌在**无能的蒋军中算得是一员出色的干将。经他们的宣扬和活动，一九四六年冬，美**方向卫立煌发出到美国和欧洲作军事考察的邀请。这时蒋介石正考虑到：卫立煌仍有可以利用之处，不宜对他过于冷淡，因此就势批准了这一邀请。
一九四六年十一月，卫立煌将军偕夫人韩权华，带两名秘书到美国考察军事。他在美国，受到美国国防部和参谋长联席会议的热烈欢迎，也受到留美侨胞的欢迎和款待。
一九四七年七月，卫立煌由纽约乘飞机赴巴黎，开始欧洲考察。十月间，卫奉蒋介石电召，和韩权华一道，回到南京，住上海路五号私人寓所。不久，写出《考察欧美军事报告》一文。
一九四七年八月初，蒋介石派陈诚秘密赴沈阳，接替熊式辉的东北行辕主任之职。十月，人民解放军发动秋季攻势，先后消灭陈诚部十万多人。一九四八年元月六日一夜之间，陈诚的新五军，遭到解放军的奇袭，消灭殆尽。陈诚只得自认指挥无方。蒋介石便召卫立煌面谈，要卫去东北挽回大局。
一月十七日，蒋明令派卫立煌为东北行辕副主任兼东北“剿匪”总司令。为了顾全陈诚的面子，名义上仍让陈诚兼任东北行辕主任，由卫代行职权。二月十二日，又令卫兼代主任。卫立煌不得已，只好于二十一日飞抵沈阳。此时东北“剿匪”总部，形成瘫痪状态。军事形势，在东北人民解放军冬季攻势继续进行下，十分紧张。卫立煌决定在军事上采取持重方针。他的策略是：把部队集中在沈阳附近不动。不论人民解放军打到哪里，也不论守城部队如何告急，即使蒋介石再三电令他派兵解围，也一概不为所动。蒋介石对卫立煌连日来不肯出兵，坐守沈阳的策略，十分不满。严令卫立煌只留少数兵力守沈阳，把主力部队向南开，打通沈锦路，严守锦州。卫立煌不接受蒋的命令，因此，蒋卫之间的矛盾，越来越尖锐。
三月九日，解放军解放永吉和电都小丰满。十三日解放四平街。解放军冬季攻势，至此告一段落，先后共歼蒋军十五万余人。东北蒋军只剩下长春、沈阳、抚顺、本溪、锦州、葫芦岛等几个孤立据点。沈阳、长春的军民补给全靠飞机运输。卫立煌的计划是，加紧补充训练，长期固守沈阳。但是，蒋介石始终不忘将沈阳主力撤到锦州的念头。以沈阳、长春交通断绝，空运补给无法维持为理由，一再要卫将主力撤到锦州，只留少数守沈阳。卫立煌坚决反对。五月初，蒋又令打通沈锦线，将主力撤至锦州。卫未完成整训计划，当然不同意。派赵家骧、廖耀湘代表他赴京，面蒋请示机宜。蒋听完汇报后，对卫立煌意见不予理睬，便下令决定：只留五十三军和二零七师(都是原东北军)守沈阳，其他各兵种混合在一起，编为一个机动兵团，并指定归廖耀湘统率。廖觉得机动兵团可以扩充个人势力，立即表示接受。卫立煌感到，自己已被蒋置于无权过问的地位，仍坚决反对，不予执行。
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